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Nextflow多批次对接质控流程复现

共计 30 章节
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01
Nextflow简介
什么是Nextflow · 可重复性理念 · 批次质控场景概述
Nextflow简介
02
安装与环境配置
Nextflow安装（conda/c… · JDK依赖 · PATH设置
安装环境配置
03
DSL2核心概念
process · channel · workflow
DSL2核心概念
04
第一个批质控管道
编写最简单的FastQC管道 · 运行与查看结果
第一个批质控管道FastQC
05
通道（Channel）详解
fromPath · fromSRA · value
Channel通道
06
进程（Process）基础
input/output声明 · script块 · 标签
Process进程
07
参数化与配置
nextflow.config · params.前缀 · 命令行传参
参数化配置
08
可重复性基石
随机种子 · 固定依赖版本 · 容器化（Docker/Singula…
可重复性基石随机种子
09
容器化集成
Dockerfile编写 · Singularity使用 · 如何在nextflow.config…
容器化集成Dockerfile
10
Conda环境管理
environment.yml · conda指令 · 缓存与隔离
Conda环境管理
11
批次元数据管理
样本表（samplesheet）设计 · CSV/JSON解析 · 通道映射
批次元数据管理samplesheet
12
FastQC与MultiQC集成
调用FastQC · 解析结果 · MultiQC汇总报告
FastQCMultiQC
13
质量修剪（Trimmomatic）
适用场景 · 参数传递 · 输出与FastQC联动
Trimmomatic质量修剪
14
双端测序处理
SE/PE通道 · 左端右端严格配对 · 常见错误排查
双端测序处理SE/PE
15
中间产物清理
publishDir策略 · 模式设置 · 避免磁盘爆炸
间产物清理publishDir
16
缓存（Cache）与重入
work目录结构 · 重新运行部分步骤 · 缓存失效条件
Cache缓存
17
错误处理与重试
errorStrategy · maxRetries · retryUntil
错误处理重试
18
资源管理
executor类型 · 队列配置 · 动态资源分配（queueSize
资源管理executor
19
日志与监控
Nextflow日志级别 · timeline · trace
日志监控
20
并行执行与调度
批次内并行 · 批次间依赖 · 集群作业提交优化
并行执行调度
21
自定义模块与共享
模块化设计 · lib/目录 · include语句
自定义模块共享
22
单元测试（nf-test/nf-core）
测试框架安装 · mock数据 · 断言检查
nf-test/nf-c…单元测试
23
版本控制与CI
Git工作流 · GitHub Actions自动测试 · 管道版本标记
CI版本控制
24
nf-core模板使用
nf-core create · 标准化结构 · 社区最佳实践
nf-core模板使用
25
多批次比较与定制报告
分批次运行 · 比较MultiQC图表 · 生成汇总PDF
多批次比较定制报告
26
性能调优
进程并行度 · 队列策略 · I/O瓶颈分析
性能调优进程并行度
27
云端执行（AWS Batch / Google Life Sciences）
配置 · 成本控制 · 数据存储
AWSBatch
28
实际案例
全基因组测序批量质控管道设计（含Sa… · 对接下游分析）
实际案例Sa
29
常见坑与避障指南
路径问题 · 权限 · 依赖不兼容
常见坑避障指南
30
课程总结
可重复批质控思维导图 · 未来方向（nf-core/eager · 集成AI）
课程总结可重复批质控思维…