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本课程属于：026-分子对接筛选批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

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AutoDock Vina批量对接调参与稳定性评估

共计 30 章节

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AutoDock Vina简介

发展历史 · 应用场景 · 与其他对接软件对比

Vina安装与编译

源码编译 · 二进制安装 · Docker部署

受体与配体准备

PDB文件处理 · 加氢 · 修补氨基酸侧链

受体配体准备

盒子(Box)设置

grid中心与尺寸确定 · Autodock Tools与脚本方…

配置文件(config)详解

receptor · ligand · center_x/y/z

config配置文件

单分子对接实战

从准备到运行Vina · 解析输出日志

单分子对接实战Vina

输出结果解读

output.pdbqt文件 · 对接打分 · 结合模式分析

输出结果解读output.pdbqt

批次对接概念

为什么需要批次处理？手工循环 vs…

批次对接概念vs

Shell脚本实现批次对接

遍历配体文件 · 生成配置文件 · 并行运行

Shell脚本实现批次对接

Python脚本实现批次对接

使用os/subprocess模块调…

Python脚本实现批次对接

核心参数exhaustiveness

原理 · 对速度与精度的影响 · 调优策略

exhaustivene…核心参数

核心参数num_modes与energy_range

控制输出构象数量与能量窗口

核心参数seed

随机种子设置 · 可重复性分析

seed核心参数

核心参数cpu

多线程并行 · 资源竞争与核数选择

cpu核心参数

核心参数search_depth与其他高级参数

简介与适用场景

参数调优流程

正交实验设计 · 网格搜索 · 贝叶斯优化

参数调优流程正交实验设计

性能评估指标

对接成功率 · Top1/5/10命中率 · 结合能与RMSD分布

性能评估指标对接成功率

编写自动化调优框架

配置文件生成 · 参数组合 · 结果汇总

编写自动化调优框…配置文件生成

使用Python+PyVina库

API调用 · 参数动态修改

Python+PyVin…使用

日志分析与可视化

提取能量值 · 画散点图 · 热力图

日志分析可视化

大规模虚拟筛选

配体库预处理 · 分布式运行 · 结果过滤

大规模虚拟筛选配体库预处理

常用工具与脚本集

vina_split · prepare_receptor4.… · prepare_ligand4.py

常用工具脚本集

避免常见陷阱

同分异构体处理 · 配体构象预处理 · 盒子边界问题

避免常见陷阱同分异构体处理

CUDA版Vina简介 · 安装与对比测试

溶剂效应与柔性侧链

添加水分子 · 氨基酸侧链柔性设置

溶剂效应柔性侧链

结果验证与实验对照

与已知活性化合物对比 · ROC曲线

结果验证实验对照

多受体交叉对接

受体准备一致性 · 结合口袋比较

多受体交叉对接受体准备一致性

参数调优案例实战

基于BACE1蛋白数据集 · 从默认参数到最优参数

参数调优案例实战BACE1

批次调优脚本模板发布

提供可复用的Python脚本与命令行…

批次调优脚本模板…Python

总结与进阶方向

深度学习打分函数 · AutoDock-GPU · 在线平台集成

进阶方向深度学习打分函数