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高通量分子对接质量指标与基准测试

共计 30 章节
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01
高通量对接概述
定义 · 应用场景 · 与实验筛选的对比
高通量对接概述定义
02
对接基本原理
受体-配体相互作用 · 构象搜索 · 打分函数简介
对接基本原理受体
03
对接软件介绍
AutoDock Vina · Glide · GOLD等主流工具特点对比
对接软件介绍AutoDock
04
质控指标体系
为什么需要质控指标？常见指标分类（预… · 区分能力 · 稳定性）
质控指标体系为什么需要质控指…
05
ROC曲线与AUC
定义 · 计算方法 · 在对接验证中的应用
ROCAUC
06
富集因子（Enrichment Factor）
定义 · 不同阈值下的计算 · 解读
EnrichmentFactor
07
初筛命中率（Hit Rate）
计算方式 · 与随机筛选的比较
HitRate
08
BEDROC指标
考虑早期富集的改进指标 · 参数α的意义
BEDROC指标
09
归一化的对数AUC（pROC AUC）
处理不平衡数据的AUC变体
AUCpROC
10
RMSD计算
对接姿势与晶体结构的重原子均方根偏差
RMSD计算
11
对接打分分布分析
分数直方图 · Z-score · 异常值检测
对接打分分布分析分数直方图
12
聚类分析
基于配体相似性或对接姿势的聚类方法
聚类分析基于配体相似性或…
13
共晶结构验证
使用已知结合姿势评估对接准确性
共晶结构验证使用已知结合姿势…
14
交叉验证
训练集/测试集划分 · 多轮筛选的稳定性评估
交叉验证训练集
15
正负样本准备
活性分子与诱饵分子的选择原则
正负样本准备活性分子
16
Decoy库构建
DUD-E · DEKOIS等经典资源及自定义策略
Decoy库构建
17
对接流水线搭建
从配体准备 · 受体处理到批量化脚本
对接流水线搭建从配体准备
18
并行高通量计算
任务调度 · 资源管理 · 错误重试机制
并行高通量计算任务调度
19
对接结果存储与索引
数据库设计（SQLite · MongoDB） · 结果字段定义
对接结果存储索引
20
质控报告自动化
Python/Pandas生成统计报…
质控报告自动化Python/Panda…
21
可视化工具
使用Matplotlib/Plotl… · EF曲线 · 散点图
可视化工具Matplotlib/P…
22
多软件一致性比较
不同对接程序结果的相关性分析
多软件一致性比较不同对接程序结果…
23
打分函数重排序（Scoring Re-ranking）
MM/GBSA等精细打分
ScoringRe-ranking
24
对接稳定性测试
随机种子 · 受体构象变动对结果的影响
对接稳定性测试随机种子
25
性能基准测试（Benchmark）
公开数据集（如DUD-E · MUV）上的对比
Benchmark性能基准测试
26
常见错误与陷阱
过拟合 · 数据泄漏 · 不恰当的正负样本比例
常见错误陷阱
27
最佳实践
文献中推荐的质控流程（例如CASF基…
最佳实践CASF
28
案例研究
FDA批准药物的虚拟筛选回溯性分析
案例研究FDA
29
质控指标扩展
机器学习特征 · 交互指纹相似度等新指标
质控指标扩展机器学习特征
30
课程总结与未来展望
深度学习时代的高通量对接质控趋势
课程总结未来展望