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高通量分子对接自动筛选与批次质控

共计 30 章节
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01
高通量对接概述
什么是高通量对接？应用场景与重要性
高通量对接概述什么是高通量对接…
02
批次质控基本概念
为什么需要批次质控？质控指标介绍
批次质控基本概念为什么需要批次质…
03
环境搭建
Linux环境 · 分子对接软件安装（AutoDock… · Schrödinger等）
环境搭建Linux
04
受体准备
去除水分子 · 加氢 · 修复缺失残基
受体准备去除水分子
05
配体准备
化合物库格式转换 · 三维结构生成 · 能量最小化
配体准备化合物库格式转换
06
对接配置文件详解
Vina配置文件参数含义与最佳实践
对接配置文件详解Vina
07
批量运行脚本
Python/Bash脚本编写 · 自动提交对接任务
批量运行脚本Python/Bash
08
任务监控与管理
状态检查 · 失败任务重试 · 资源调度
任务监控管理
09
结果解析基础
对接打分读取 · 构象提取 · 打分排序
结果解析基础对接打分读取
10
质量控制指标
RMSD · 打分分布 · 成功率
质量控制指标RMSD
11
异常检测与处理
常见错误如配体文件错误 · 受体问题 · 软件崩溃
异常检测处理
12
统计分析
结果统计（均值 · 中位数 · 标准差）
统计分析结果统计
13
构象聚类
基于RMSD的聚类算法 · 选取代表性构象
构象聚类RMSD
14
结合自由能计算
MM-PBSA/GBSA简介与批次调…
结合自由能计算MM-PBSA/GBSA
15
深度学习对接评分
利用神经网络预测打分（如GNINA · DeepDock）
深度学习对接评分GNINA
16
并行优化
多核并行 · GPU加速 · 任务分发策略
并行优化多核并行
17
数据管理
结果数据库（SQLite/Postg… · 元数据记录
数据管理SQLite/Postg
18
可视化工具
PyMOL · VMD批量可视化对接复合物与打分标签
可视化工具PyMOL
19
报告自动生成
生成质控报告（PDF/HTML） · 包含图表与统计
报告自动生成PDF/HTML
20
案例1
小分子库筛选（5000分子）完整流程…
案例1小分子库筛选
21
案例2
大规模虚拟筛选（百万分子）分批质控与…
案例2大规模虚拟筛选
22
常见问题排查
配体参数不全 · 受体口袋定义错误 · 软件兼容性
常见问题排查配体参数不全
23
质控流程图设计
从数据输入到报告输出的全流程节点梳理
质控流程图设计从数据输入到报告…
24
日志解析
从对接日志中自动提取打分 · 时间 · 错误信息
日志解析从对接日志
25
结果过滤与筛选
基于打分阈值 · 聚类大小 · 理化性质进行过滤
结果过滤筛选
26
重复性评估
同一批次多次对接的RMSD一致性检查
重复性评估RMSD
27
性能基准测试
不同软件（Vina vs Glide…
性能基准测试Vina
28
自动化流水线
使用Nextflow/Snakema…
自动化流水线Nextflow/Sna…
29
质控报告模板
自定义表格 · 雷达图 · 汇总表格
质控报告模板自定义表格
30
总结与进阶
多轮对接 · 机器学习辅助打分 · 未来发展方向
进阶多轮对接