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组学批次效应建模与ComBat校正

共计 30 章节
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01
批次效应简介
什么是批次效应 · 为什么需要校正
批次效应简介什么是批次效应
02
批次效应的来源
实验批次 · 试剂 · 操作员
批次效应的来源实验批次
03
批次效应的检测方法
可视化（PCA · t-SNE） · 统计检验（ANOVA
批次效应的检测方…PCA
04
批次效应校正概述
常见策略分类（基于模型 · 基于位置 · 基于学习）
批次效应校正概述常见策略分类
05
标准化方法
Z-score · ComBat的基本原理
标准化方法Z-score
06
ComBat详解
参数估计 · 调整公式 · 代码实现
ComBat参数估计
07
ComBat-seq
针对RNA-seq数据的批次效应校正
ComBat-seqRNA-seq
08
limma的批次校正
使用removeBatchEffec…
limma的批次校正
09
SVA
使用Surrogate Variab…
SVASurrogate
10
RUV（去除不需要的变异）
RUVg · RUVs等
RUV去除不需要的变异
11
Harmony
基于聚类和校正的集成方法
Harmony基于聚类
12
Scanorama
针对单细胞数据的批次校正
Scanorama针对单细胞数据的…
13
MNN（互近邻）
单细胞数据校正
MNN互近邻
14
基于线性回归的方法
回归残差法
基于线性回归的方…回归残差法
15
基于主成分分析的方法
PCA校正
基于主成分分析的…PCA
16
基于多因子分析的方法
MFA · JIVE
基于多因子分析的…MFA
17
非参数方法
基于经验分布（quantile no…
非参数方法quantile
18
深度学习方法的批次效应校正
VAE · CycleGAN
深度学习方法的批…VAE
19
批次效应校正的评估指标
ASW · LISI · kBET等
批次效应校正的评…ASW
20
批次效应校正的注意事项
过度校正 · 信息丢失
批次效应校正的注…过度校正
21
真实数据案例分析（一）
基因表达芯片数据
真实数据案例分析基因表达芯片数据
22
真实数据案例分析（二）
RNA-seq数据
真实数据案例分析RNA-seq
23
真实数据案例分析（三）
单细胞RNA-seq数据
真实数据案例分析RNA-seq
24
真实数据案例分析（四）
代谢组学数据
真实数据案例分析代谢组学数据
25
代码实战
使用ComBat进行校正（R语言）
代码实战ComBat
26
代码实战
使用Harmony进行单细胞校正（P…
代码实战Harmony
27
代码实战
使用Scanorama进行单细胞校正…
代码实战Scanorama
28
代码实战
评估校正效果的代码实现
代码实战评估校正效果的代…
29
批次效应校正工具和包的介绍
sva · limma · ComBat等
批次效应校正工具包的介绍
30
课程总结与展望
未来趋势 · 多批次整合 · 跨平台校正
课程总结未来趋势