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本课程属于：024-单细胞转录组批次质控 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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Seurat与Harmony整合调参与效果评估

共计 30 章节
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01
课程介绍
Seurat与Harmony简介及应…
课程介绍Seurat
02
单细胞RNA测序数据基础
表达矩阵与元数据
RNA单细胞
03
R与RStudio安装配置及Seurat包安装
R与RStudio安装配置及Seurat… · 核心概念 · 实践要点
RStudioSeurat
04
创建Seurat对象
Read10X与CreateSeur…
Seurat创建
05
质控（QC）与过滤
线粒体 · 基因数 · UMI
QC质控
06
标准化与寻找高变基因
NormalizeData与Find…
标准化寻找高变基因
07
降维
RunPCA与ElbowPlot
降维RunPCA
08
聚类
FindNeighbors与Find…
聚类FindNeighbor…
09
标记物鉴定与细胞类型注释
标记物鉴定与细胞类型注释 · 核心概念 · 实践要点
标记物鉴定细胞类型注释
10
批次效应问题及常用整合方法对比
批次效应问题及常用整合方法对比 · 核心概念 · 实践要点
批次效应问题常用整合方法对比
11
Harmony原理详解
嵌入空间与迭代优化
Harmony原理详解
12
Harmony安装与基本使用
RunHarmony
Harmony安装
13
Harmony核心参数解析
theta · sigma · lambda
Harmony核心参数解析
14
参数调优策略一
调整 theta（聚类紧密度）的影响
参数调优策略一theta
15
参数调优策略二
调整 sigma（模糊性）的影响
参数调优策略二sigma
16
参数调优策略三
调整 lambda（正则化强度）的影…
参数调优策略三lambda
17
参数调优策略四
max_iter与early_sto…
参数调优策略四max
18
使用Harmony进行多批次数据整合
使用Harmony进行多批次数据整合 · 核心概念 · 实践要点
Harmony使用
19
评估整合效果
UMAP可视化与LISI指标
评估整合效果UMAP
20
参数网格搜索与交叉验证方法
参数网格搜索与交叉验证方法 · 核心概念 · 实践要点
参数网格搜索交叉验证方法
21
实战案例一
PBMC数据集批次校正
实战案例一PBMC
22
实战案例二
不同组织来源数据整合
实战案例二不同组织来源数据…
23
实战案例三
时间序列数据整合
实战案例三时间序列数据整合
24
常见问题调试
收敛失败 · 过拟合与内存溢出
常见问题调试收敛失败
25
与其他整合方法对比
CCA · MNN · Scanorama
其他整合方法对比CCA
26
高阶应用
自定义Harmony参数拟合函数
高阶应用Harmony
27
批量处理
编写脚本自动化参数调优
批量处理编写脚本自动化参…
28
性能优化
并行计算与Seurat v5内存管理
性能优化Seurat
29
结果验证
差异表达分析在整合后的可靠性
结果验证差异表达分析
30
总结与最佳实践
生产环境参数推荐
最佳实践生产环境参数推荐