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10x与Smart-seq2批次整合案例讲解

共计 30 章节
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01
单细胞RNA测序技术概述
10x Genomics与Smart…
RNA单细胞
02
批次效应产生的原因与影响
批次效应产生的原因与影响 · 核心概念 · 实践要点
批次效应产生的原…影响
03
数据获取
公共数据库（GEO · EGA）及格式说明
数据获取GEO
04
预处理
10x数据读取与质量控制（Cell…
预处理Cell
05
预处理
Smart-seq2数据读取与质量控…
预处理Smart-seq2
06
数据整合面临的挑战
平台差异 · 基因覆盖度 · 灵敏度
数据整合面临的挑…平台差异
07
常见整合方法概览
Seurat · Harmony · scVI
常见整合方法概览Seurat
08
数据标准化与归一化方法比较
数据标准化与归一化方法比较 · 核心概念 · 实践要点
数据标准化归一化方法比较
09
特征选择与降维（PCA、t-SNE、UMAP）
特征选择与降维（PCA · 核心概念 · 实践要点
PCAt-SNE
10
Seurat Integration
基于CCA的整合原理
SeuratIntegration
11
Seurat Integration实战
锚定识别与转换
SeuratIntegration
12
Seurat Integration结果评估
混合度与批次效应评分
SeuratIntegration
13
Harmony整合原理与参数设置
Harmony整合原理与参数设置 · 核心概念 · 实践要点
Harmony整合原理
14
Harmony实战
在10x与Smart-seq2数据中…
HarmonySmart-seq2
15
Harmony与Seurat整合结果对比分析
Harmony与Seurat整合结果对比… · 核心概念 · 实践要点
HarmonySeurat
16
scVI深度学习模型整合原理
scVI深度学习模型整合原理 · 核心概念 · 实践要点
scVI深度学习模型整合…
17
scVI实战
使用Python API处理混合数据
scVIPython
18
scVI与贝叶斯因子的应用
scVI与贝叶斯因子的应用 · 核心概念 · 实践要点
scVI贝叶斯因子的应用
19
BBKNN（基于邻居的批次矫正）实战
BBKNN（基于邻居的批次矫正）实战 · 核心概念 · 实践要点
BBKNN基于邻居的批次矫…
20
MNN（互最近邻居）方法在平台整合中的应用
MNN（互最近邻居）方法在平台整合中的应… · 核心概念 · 实践要点
MNN互最近邻居
21
整合后聚类
共识聚类与细胞类型注释
整合后聚类共识聚类
22
差异表达分析
整合后生物学差异的可信度
差异表达分析整合后生物学差异…
23
整合效果量化指标
iLISI · cLISI · kBET
整合效果量化指标iLISI
24
可视化整合结果
混合UMAP · 分区图
可视化整合结果UMAP
25
案例一
人PBMC数据整合（10x + Sm…
案例一PBMC
26
案例二
脑细胞数据集整合（小鼠）
案例二脑细胞数据集整合
27
性能优化
内存管理与并行加速
性能优化内存管理
28
常见问题与调试
维度不匹配 · 过拟合 · 虚假聚类
常见问题调试
29
整合流程自动化
使用Snakemake/Nextfl…
整合流程自动化Snakemake/Ne…
30
总结与最佳实践
选择合适整合策略的建议
最佳实践选择合适整合策略…