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Snakemake工作流构建与配置详解

共计 30 章节

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Snakemake简介

工作流管理系统 · 应用场景 · Snakemake与Makefile…

Snakemake简介

Snakemake安装

pip安装 · conda安装 · 源码编译

Snakemake安装

第一个Snakefile

规则定义 · 输入输出 · 运行snakemake

Snakefile第一个

Snakemake规则详解

run · shell · script

Snakemake规则详解

通配符（wildcards）

通配符的概念 · 使用规则 · 多文件匹配

wildcards通配符

配置文件（config）

YAML配置 · 在Python中引用 · 参数化工作流

config配置文件

命令行参数

snakemake命令选项 · 参数传递 · dry-run

命令行参数snakemake

规则顺序 · 输入输出依赖 · 自动构建依赖图

依赖管理规则顺序

日志与输出管理

日志文件 · stdout/stderr · 工作流日志

日志输出管理

检查点（checkpoint）

动态图生成 · 聚合规则 · 重新运行

checkpoint检查点

Singularity · Docker容器 · 远程执行

容器支持Singularity

Conda环境管理

Conda环境定义 · 自动创建 · 隔离

Conda环境管理

模块化设计

include语句 · Sankemodules · 复用规则

模块化设计include

Snakemake内置报告 · 自定义报告 · 可视化结果

报告生成Snakemake

SLURM · SGE · LSF等调度系统配置

集群调度SLURM

AWS Batch · Google Cloud Life… · HPC并行

临时文件与保护

temp() · protected() · directory()

临时文件保护

错误处理与调试

错误排查 · --reason · --debug

错误处理调试

资源监控 · 时间消耗 · 内存使用

基准测试资源监控

任务调度优化

线程数 · 内存限制 · 优先级设置

任务调度优化线程数

规则继承与多输入

合并 · 提取 · zip等

规则继承多输入

输出文件管理

输出目录 · 文件组织 · 清理

输出文件管理输出目录

版本控制策略 · .gitignore · 工作流追溯

测试工作流

单元测试 · 集成测试 · CI/CD

测试工作流单元测试

内存数据库

使用SQLite记录运行状态 · 增量运行

内存数据库SQLite

自定义函数与Python代码

在规则中嵌入Python · 辅助函数

Python自定义函数

定向图可视化

dag图 · filegraph图 · 报告

定向图可视化dag

项目结构 · 命名规范 · 注释

最佳实践项目结构

subworkflow · group规则 · run本地与远程

高级主题subworkflow

社区与扩展

Snakemake插件 · 社区资源 · 未来发展