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Snakefile规则设计与集群调度配置

共计 30 章节
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01
Snakemake入门
什么是Snakemake · 工作流管理系统简介 · 安装与快速上手
Snakemake什么是
02
Snakefile基本语法
规则定义 · rule关键字 · input/output/run/s…
Snakefile基本语法
03
规则中的shell命令
在规则中运行shell命令 · 字符串格式化 · 变量引用
shell规则
04
输入与输出文件
指定输入输出文件 · 文件通配符 · Wildcards
输入输出文件
05
通配符详解
{sample} · {chr}等通配符 · 匹配规则
通配符详解sample
06
规则参数params
使用params传递静态参数 · 与wildcards结合
params规则参数
07
配置文件config
YAML/JSON配置文件加载 · config字典 · 动态配置
config配置文件
08
环境与依赖
使用conda环境 · 指定environment.yaml · 管理软件
环境依赖
09
Python脚本与R脚本集成
script指令 · source函数 · 传递变量
Python脚本
10
规则依赖与自动推导
Snakemake如何根据输入输出自…
规则依赖自动推导
11
规则顺序控制
order · priority · before
规则顺序控制order
12
分支与条件执行
rule中的if判断 · checkpoint特殊规则
分支条件执行
13
子工作流subworkflow
模块化设计 · 调用其他Snakefile
subworkflow子工作流
14
报告生成
自动生成HTML报告 · include配置
报告生成HTML
15
日志与进度
log指令记录日志 · snakemake --profil… · 进度条
日志进度
16
集群与HPC提交
--cluster选项 · 配置qsub/sbatch · 资源请求
HPC集群
17
使用--profile管理集群配置
profile文件结构 · 自定义资源
profile使用
18
容器化
使用Singularity/Dock… · container指令 · 镜像管理
容器化Singularity/…
19
文件锁定与重运行
--rerun-incomplete · --force · 文件锁定机制
文件锁定重运行
20
调试技巧
--debug · dry-run · 可视化DAG图
调试技巧debug
21
性能优化
并行执行 · --cores · --jobs
性能优化并行执行
22
最佳实践
目录结构规划 · Snakefile命名 · 模块化设计
最佳实践目录结构规划
23
结合Git进行版本控制
Snakefile仓库管理 · 持续集成
Git结合
24
参数空间展开
使用expand函数 · 参数组合 · Patterns
参数空间展开expand
25
文件通配符高级
多通配符顺序 · 双通配符 · 正则表达式
文件通配符高级多通配符顺序
26
对多个样本并行处理
实际案例（如RNA-seq · 变异检测）
对多个样本并行处…RNA-seq
27
规则中的内存与时间限制
指定resources · 调度器理解
规则内存
28
环境变量的使用
shell中的环境变量 · environs模块
环境变量的使用shell
29
规则输出模式
directory输出 · 临时文件 · 保护文件
规则输出模式directory
30
总结与实战项目
综合运用所学知识构建完整的工作流
实战项目综合运用所学知识…