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Slide-seq数据处理与空间分析实战

共计 30 章节
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01
Slide-seq技术原理与实验流程简介
原位捕获 · 微珠排列 · 建库测序
Slide-seq技术原理
02
空间转录组数据格式介绍
Bead-level与Puck-le… · HDF5与CSV结构
空间转录组数据格…Bead-level
03
环境搭建
安装Python包（Scanpy · Squidpy · SpaGCN
环境搭建Python
04
数据下载与读取
从GEO/SRA获取Slide-se… · 使用pandas/numpy加载
数据下载读取
05
数据预处理
UMI计数矩阵过滤 · 质量控制（线粒体比例 · 基因数）
数据预处理UMI
06
空间坐标处理
像素坐标转换为物理坐标 · 生成空间DataFrame并可视化
空间坐标处理像素坐标转换为物…
07
空间自相关分析
Moran's I与Geary's… · 识别空间模式
空间自相关分析Moran
08
空间可变基因检测
SpatialDE原理与实战 · SPARK及SPARK-X应用
空间可变基因检测SpatialDE
09
空间可变基因结果可视化
火山图 · 空间表达热图 · 趋势图
空间可变基因结果…火山图
10
空间聚类分析
基于表达谱的Leiden/Louva… · 聚类参数调优
空间聚类分析Leiden/Louva
11
空间聚类结果映射
将聚类标签映射到原始空间位置 · 绘制空间散点图
空间聚类结果映射将聚类标签映射到…
12
差异表达分析
利用伪批量法或Wilcoxon检验识…
差异表达分析Wilcoxon
13
功能富集分析
GO/KEGG富集 · gseapy与Enrichr在空间区…
功能富集分析GO/KEGG
14
细胞类型注释
基于参考单细胞数据 · 通过Seurat的Anchor或Ce…
细胞类型注释基于参考单细胞数…
15
空间邻近分析
细胞邻域组成 · 计算邻域熵与生态位特征
空间邻近分析细胞邻域组成
16
配体-受体互作分析
CellChat与NicheNet在…
配体受体互作分析
17
空间轨迹推断
RNA velocity结合空间位置 · scVelo在Slide-seq上的…
空间轨迹推断RNA
18
多切片整合分析
Harmony / scVI / S…
多切片整合分析Harmony
19
空间异质性分析
肿瘤微环境中免疫细胞浸润 · 缺氧区识别
空间异质性分析肿瘤微环境
20
发育生物学案例
小鼠胚胎Slide-seq数据中器官…
发育生物学案例Slide-seq
21
神经科学案例
大脑皮层区域的空间图谱与层特异性基因
神经科学案例大脑皮层区域的空…
22
空间转录组与H&E染色配准
通过特征点或弹性配准对齐
空间转录组H&E染色配准
23
3D空间重建
多切片堆叠 · 使用Mesh或体素可视化
3D空间重建多切片堆叠
24
大规模数据并行处理
使用Dask或RAPIDS加速矩阵运…
大规模数据并行处…Dask
25
结果报告生成
Jupyter Notebook与Q…
结果报告生成Jupyter
26
常见问题排查
内存不足 · 坐标偏移 · 批次效应的处理策略
常见问题排查内存不足
27
实战项目一
从小鼠海马体Slide-seq数据到…
实战项目一Slide-seq
28
实战项目二
人乳腺癌样本的空间免疫格局分析
实战项目二人乳腺癌样本的空…
29
实战项目三
斑马鱼胚胎时空基因表达图谱构建
实战项目三斑马鱼胚胎时空基…
30
课程总结与前沿展望
Slide-seq v2 · MERFISH新技术对接与未来方向
课程总结前沿展望