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Seurat空间转录组整合分析教程

共计 30 章节
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01
空间转录组学概述
技术发展史（Visium · Slide-seq · MERFISH等）
空间转录组学概述Visium
02
Seurat环境搭建
R语言与RStudio安装 · Seurat包安装 · 依赖包管理（dplyr
Seurat环境搭建
03
空间数据读取
Load10X_Spatial函数详… · Visium H5与image数据加… · 创建Seurat空间对象（Spati…
空间数据读取Load10X
04
Seurat空间对象结构
spatial assay · image · 坐标（tissue_lowres_i…
Seurat空间对象结构
05
质量控制与预处理
spot的QC指标（nCount_S… · nFeature_Spatial） · 过滤低质量spot
质量控制预处理
06
数据标准化与方差稳定
SCTransform原理 · 参数设置（variable.feat… · assay）
数据标准化方差稳定
07
降维与聚类
RunPCA · 确定主成分个数（ElbowPlot） · FindNeighbors
降维聚类
08
可视化基础
SpatialDimPlot · SpatialFeaturePlot · DimPlot
可视化基础SpatialDimPl…
09
空间特征基因检测
FindSpatiallyVaria… · markvariogram） · SpatiallyVariableF…
空间特征基因检测FindSpatiall…
10
空间区域注释
手动注释（已知marker） · 自动识别（Presto · FindAllMarkers）
空间区域注释marker
11
整合分析核心问题
批次效应来源 · 为什么要整合多个切片/样本 · 常见整合策略概览
整合分析核心问题批次效应来源
12
整合步骤一
标准Merge合并：merge函数 · 合并后批次效应可视化 · 需要整合的原因
整合步骤一Merge
13
整合步骤二
基于锚点的整合（FindIntegr… · dims · k.filter）
整合步骤二FindIntegr
14
整合步骤三
SCTransform整合（sele…
整合步骤三SCTransform
15
整合步骤四
harmony整合（RunHarmo… · 超参数（theta · lambda
整合步骤四harmony
16
整合评估与诊断
查看整合后的批次分布（Spatial… · 比较整合前后聚类一致性 · 指标评估
整合评估诊断
17
空间变量特征整合
跨样本的SpatiallyVaria… · 合并特征列表 · 下游分析
空间变量特征整合SpatiallyVar…
18
与单细胞参考数据整合
利用single-cell refe… · CARD · RCTD方法简介
单细胞参考数据整…single-cell
19
空间细胞类型反卷积
Seurat内置方法（AddModu… · 无空间反卷积） · SPOTlight
空间细胞类型反卷…Seurat
20
空间轨迹与发育分析
Monocle3与Seurat空间对… · 基于空间位置的伪时间推断（spati…
空间轨迹发育分析
21
细胞通讯与配体-受体分析
Seurat无直接方法 · 需结合CellChat · NicheNet
细胞通讯配体
22
空间差异表达分析
FindMarkers with g… · SpatialDE2（空间差异表达）…
空间差异表达分析FindMarkers
23
功能富集分析
富集分析工具（clusterProf… · enrichR） · 将Seurat标记基因列表转换为可输…
功能富集分析clusterProf
24
交互式可视化工具
VitessCe（Seurat出品） · ShinyCell · SPATA2
交互式可视化工具VitessCe
25
空间区域比较与对比分析
不同样本间相同解剖区域的比较 · 空间变量基因的差异
空间区域比较对比分析
26
多切片联合分析（大型数据集）
数据集过大时的策略（downsamp… · 分区整合） · 性能优化
多切片联合分析大型数据集
27
空间转录组与病理学整合
肿瘤边缘分析 · 肿瘤微环境 · 识别三级淋巴结构等应用案例
空间转录组病理学整合
28
实战案例一
人类乳腺癌空间数据分析 · 识别导管与间质区域
实战案例一人类乳腺癌空间数…
29
实战案例二
小鼠大脑空间转录组整合：多层切片整合 · 比较皮质层区域差异
实战案例二小鼠大脑空间转录…
30
总结与进阶
常见问题与错误排查（内存不足 · 图像对齐失败 · 整合不稳定）
进阶常见问题