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NicheNet配受体分析从入门到实战

共计 30 章节

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配受体分析在细胞通讯中的作用 · NicheNet与其他工具（Cell… · iTALK等）的对比与选择

配体-受体相互作用数据库（LRdb） · 基因调控网络（GRN）的构建逻辑 · NicheNet核心模型原理

理论基础LRdb

R/RStudio安装 · NicheNet包及其依赖包的安装与…

环境搭建R/RStudio

表达矩阵（counts/TPM） · 元数据（细胞分组/条件） · 感兴趣基因集（target gene…

数据格式counts/TPM

数据预处理

标准化 · 归一化 · 低表达基因过滤

数据预处理标准化

内置数据库解析

NicheNet自带的配体-受体数据…

内置数据库解析NicheNet

自定义数据库

如何从公共资源（CellChatDB · FANTOM5）导入并构建自定义配体…

自定义数据库CellChatDB

核心函数一

nichenet_analysis(… · 输入输出格式 · 运行流程

核心函数一nichenet

核心函数二

性能优化——通过subsetting · 并行计算加速大规模数据运行

核心函数二subsetting

配体活性评分（ligand_acti… · 排序与筛选阈值设定

结果初探ligand

配体-靶基因调控网络（ligand_…

结果细节ligand

可视化基础

绘制配体活性热图 · 气泡图 · 展示top配体

可视化基础绘制配体活性热图

可视化进阶

用igraph或visNetwork… · 突出关键信号

可视化进阶igraph

功能富集分析

将预测的靶基因进行GO/KEGG富集 · 验证生物学相关性

功能富集分析GO/KEGG

实战案例一

scRNA-seq数据（Seurat…

实战案例一scRNA-seq

实战案例二

疾病vs正常对照的差异配体分析——结…

实战案例二vs

实战案例三

追踪特定通路（如TGFβ · Wnt）的上游配体

实战案例三TGF

实战案例四

空间转录组数据的NicheNet分析…

实战案例四NicheNet

对多个细胞对 · 多个条件循环运行NicheNet并汇…

批量处理对多个细胞对

与已知文献或CellChat结果交叉… · 假阳性控制方法

结果验证CellChat

置换检验（permutation t…

统计评估permutation

整合Seurat流程

在Seurat的Standard W…

比较两种方法的结果 · 取交集增强可信度

代码优化与避坑

内存不足 · 安装失败 · 数据库版本冲突的解决方案

代码优化避坑

自动化报告生成

用R Markdown或knitr输… · 结果 · 可视化的HTML报告

自动化报告生成Markdown

实战项目一

肿瘤微环境（TME）中免疫细胞与肿瘤…

实战项目一TME

实战项目二

发育生物学中不同胚层间的配体信号传递…

实战项目二发育生物学

实战项目三

药物靶点预测——基于配体活性筛选可干…

实战项目三药物靶点预测

过度解读配体活性 · 忽略数据库覆盖度 · 细胞分组不合理等问题

常见误区过度解读配体活性

总结与展望

NicheNet最新更新（v2.0+… · 与单细胞多组学整合的未来方向