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WDL数据校验压缩与容器化工作流

共计 30 章节

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WDL发展历史 · 核心概念 · 应用场景及环境搭建

WDL发展历史

工作流基础

任务(task)定义 · 工作流(workflow)结构 · 输入输出声明

工作流基础task

变量与数据类型

基本数据类型（String · Int · Float

变量数据类型

表达式与运算

算术运算 · 字符串拼接 · 逻辑判断

表达式运算

命令与运行时

command块编写 · runtime块设置（docker · cpu

命令运行时

output块定义 · 文件输出模式 · 全局输出与局部输出

输出管理output

数据校验基础

什么是数据校验 · 为什么需要校验 · 常见校验场景

数据校验基础什么是数据校验

WDL中的断言

assert语句 · 条件检查 · 错误抛出与处理

输入文件校验

检查文件存在性 · 格式 · 大小

输入文件校验检查文件存

参数类型检查 · 范围限制 · 枚举值校验

参数校验参数类型检查

数据完整性校验

MD5/SHA256校验 · CRC校验 · checksum工具集成

数据完整性校验MD5/SHA256

压缩工具介绍

gzip · bzip2 · xz

压缩工具介绍gzip

压缩与解压实战

在WDL中封装压缩任务 · 输入文件自动压缩

压缩解压实战

多文件打包

tar打包多个文件 · 结合压缩生成.tar.gz

多文件打包tar

压缩参数调优

压缩级别 · 线程数 · 格式选择对性能的影响

压缩参数调优压缩级别

校验与压缩结合

在压缩前后进行校验 · 确保数据完整

校验压缩结合

错误处理与重试

fail语句 · try-catch模拟 · 重试机制

错误处理重试

日志与监控

在WDL中添加日志输出 · 记录校验结果

scatter-gather模式 · 并行压缩多个文件

并行处理scatter-gath…

if-else语法 · 根据不同条件选择压缩策略

条件分支if-else

元数据管理

使用meta块记录校验信息 · 版本号 · 时间戳

元数据管理meta

模块化与复用

import导入外部WDL · 封装校验与压缩库

模块化复用

参数化配置

通过JSON/YAML输入参数化校验…

参数化配置JSON/YAML

性能测试与优化

基准测试 · 瓶颈分析 · 资源调整

性能测试优化

容器化应用

在Docker容器中集成校验与压缩工…

容器化应用Docker

云环境部署

在Cromwell · MiniWDL中运行 · S3/GCS数据校验

云环境部署Cromwell

批量文件校验与报告生成

实战案例1批量文件校验

测序数据压缩流程（FASTQ压缩 · 校验）

实战案例2FASTQ

日志归档与压缩校验自动化

实战案例3日志归档

最佳实践与常见陷阱

命名规范 · 版本兼容 · 可重现性

最佳实践常见陷阱