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PDB蛋白结构数据清洗与批量处理

共计 30 章节
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01
PDB数据库概述
PDB简介 · PDB文件格式 · PDB ID分类
PDB数据库概述
02
开发环境搭建
Anaconda安装 · Biopython · NumPy
开发环境搭建Anaconda
03
PDB文件解析入门
使用Biopython读取PDB文件 · 获取原子 · 残基
PDB文件解析入门
04
PDB文件基本操作
读写PDB文件 · 修改原子坐标 · 删除或添加残基
PDB文件基本操作
05
蛋白质结构基础概念
一级序列 · 二级结构 · 三级结构
蛋白质结构基础概…一级序列
06
原子与残基信息提取
原子名称 · 元素符号 · 坐标
原子残基信息提取
07
链与模型处理
多链蛋白质的链分离 · NMR多模型结构中的模型遍历
模型处理多链蛋白质的链分…
08
数据清洗
去除水分子 · 去除配体 · 去除替代构象（alternate l…
数据清洗去除水分子
09
缺失原子与残基处理
检查缺失主链原子 · 使用Modeller或SCWRL补全…
缺失原子残基处理
10
二级结构分配
调用DSSP或STRIDE算法 · 通过Biopython获取二级结构标…
二级结构分配DSSP
11
结构可视化基础
使用Biopython和Matplo…
结构可视化基础Biopython
12
原子间距离与角度计算
计算Cα距离 · 二面角（phi/psi） · 欧拉角
原子间距离角度计算
13
蛋白质接触图
计算残基间距离 · 生成接触矩阵 · 可视化热图
蛋白质接触图计算残基间距离
14
溶剂可及表面积（ASA）
使用FreeSASA或Biopyth…
ASA溶剂可
15
静电势计算基础
使用APBS和PDB2PQR准备输入 · 进行泊松-玻尔兹曼计算
静电势计算基础APBS
16
蛋白质动力学模拟准备
从PDB生成GROMACS拓扑文件 · 处理末端基团
蛋白质动力学模拟…PDB
17
结构比对
使用Biopython的Superi… · 计算RMSD
结构比对Biopython
18
蛋白质-配体相互作用
提取配体结合位点 · 计算氢键 · 疏水接触
蛋白质配体相互作用
19
蛋白质-蛋白质界面分析
识别界面残基 · 计算界面面积与互补性
蛋白质蛋白质界面分析
20
序列与结构一致性检查
将PDB中序列与UniProt条目比… · 修正编号错位
序列结构一致性检查
21
结构质量评估
生成Ramachandran图 · 计算MolProbity评分 · 检查异常几何
结构质量评估Ramachandran
22
非标准氨基酸与修饰识别
处理硒代甲硫氨酸 · 磷酸化等修饰残基
非标准氨基酸修饰识别
23
晶体学数据解析
从PDB头文件中提取分辨率 · R因子 · 空间群信息
晶体学数据解析PDB
24
mmCIF格式解析
使用Biopython读取mmCIF… · 处理更复杂的结构数据
mmCIF格式解析
25
批量处理PDB文件
并行下载PDB文件 · 使用多进程解析 · 写入SQLite数据库
PDB批量处理
26
数据存储与索引
设计PDB信息数据库表结构 · 使用Pandas与SQLAlchem…
数据存储索引
27
机器学习特征提取
从PDB中提取序列特征 · 结构特征（如接触数 · 二面角分布）
机器学习特征提取PDB
28
工作流自动化
使用Snakemake编写PDB处理… · 实现可重复性
工作流自动化Snakemake
29
单元测试与异常处理
编写PDB解析函数测试用例 · 处理文件错误 · 格式异常
单元测试异常处理
30
综合实战项目
从PDB数据库下载10个同源蛋白 · 构建包含清洗 · 比对
综合实战项目PDB