VIP20
本课程属于：016-Cromwell WDL云端工作流 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Cromwell多步骤WDL管线编排与缓存

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
Cromwell简介
什么是工作流管理系统 · Cromwell的背景与特点
Cromwell简介
02
安装Cromwell
本地安装与Docker部署方式
Cromwell安装
03
第一个Cromwell工作流
编写最简单的WDL · 运行任务并查看结果
Cromwell第一个
04
WDL基础语法
任务（task）的定义 · 输入输出声明 · 命令块
WDL基础语法
05
WDL数据类型
字符串 · 文件 · 整数
WDL数据类型
06
工作流（workflow）定义
调用任务 · 连接步骤 · 传递数据
workflow工作流
07
输入文件与输出文件
文件路径处理 · 中间文件清理
输入文件输出文件
08
多步骤Pipeline串联示例
构建一个两步流程（如比对+变异检测）
Pipeline多步骤
09
条件分支与错误处理
使用if语句控制执行流 · 失败时自动终止
条件分支错误处理
10
并行执行与输入分块
使用scatter处理多个样本或片段
并行执行输入分块
11
依赖管理
声明输入输出依赖关系 · 确保正确顺序
依赖管理声明输入输出依赖…
12
运行后端选择
本地 · HPC（SLURM） · Google Cloud
运行后端选择本地
13
配置Cromwell
cromwell.conf配置文件详… · 内存 · 日志等
Cromwell配置
14
数据库支持
使用MySQL/PostgreSQL… · 实现进度跟踪
数据库支持MySQL/Postgr…
15
监控与日志
查看工作流状态 · 日志位置 · 调试技巧
监控日志
16
重试机制与容错
配置重试策略 · 处理瞬态错误和资源不足
重试机制容错
17
资源管理
内存 · CPU分配 · 容器资源限制
资源管理内存
18
使用Docker容器
在WDL中指定镜像 · 最佳实践
Docker使用
19
文件系统支持
HDFS · GCS · S3等云存储
文件系统支持HDFS
20
元数据服务器
使用HTTP元数据API查询进度和状…
元数据服务器HTTP
21
Turbo模式
加速工作流执行 · 减少启动开销
Turbo模式
22
子工作流（sub-workflow）
模块化复用 · 管理复杂流程
sub-workflow子工作流
23
输入输出的JSON/CSV格式
批处理输入 · 批量提交作业
JSON/CSV输入输出的
24
自定义Cromwell扩展
开发自定义Backend或CallC…
Cromwell自定义
25
Call Caching（缓存）
避免重复计算 · 配置缓存策略
CallCaching
26
安全与权限
认证 · 授权 · 加密
安全权限
27
监控与性能调优
分析瓶颈 · 优化配置 · 提高吞吐量
监控性能调优
28
复杂Pipeline实例
完整的生物信息学分析流程（如RNA-…
Pipeline复杂
29
故障排查
常见错误及解决方法 · 调试日志解读
故障排查常见错误
30
总结与最佳实践
设计稳健的Pipeline · 社区资源与未来趋势
最佳实践Pipeline