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生物信息学与 AI 制药工程
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016-Cromwell WDL云端工作流
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《跨云部署Cromwell实践与技巧》
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本课程属于:016-Cromwell WDL云端工作流
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跨云部署Cromwell实践与技巧
共计 30 章节
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01
Cromwell概览
Cromwell的由来 · 核心定位 · 工作流引擎与WDL标准简介
Cromwell
概览
02
架构解析
主节点 · 数据库 · 存储后端
架构解析
主节点
03
本地单机部署
从源码/二进制包搭建Cromwell · 配置MySQL + 本地文件系统
本地单机部署
Cromwell
04
AWS环境准备
创建VPC · 子网 · 安全组
AWS
环境准备
05
AWS存储后端配置
S3存储桶创建 · 生命周期策略 · Cromwell的S3文件系统适配
AWS
存储后端配置
06
AWS计算后端集成
使用Batch作为计算后端 · 配置任务定义 · 作业队列
AWS
计算后端集成
07
GCP环境准备
项目创建 · 服务账号 · VPC网络与防火墙规则
GCP
环境准备
08
GCP存储后端配置
Cloud Storage桶 · 对象保留策略 · Cromwell的GCS文件系统适配
GCP
存储后端配置
09
GCP计算后端集成
使用Google Life Scie…
GCP
计算后端集成
10
Azure环境准备
资源组 · 虚拟网络 · NSG
Azure
环境准备
11
Azure存储后端配置
Blob存储账户 · 容器 · 访问密钥
Azure
存储后端配置
12
Azure计算后端集成
通过Azure Batch服务驱动执… · 配置池 · 作业
Azure
计算后端集成
13
数据库选型与高可用
MySQL vs PostgreSQ… · 主从复制 · 读写分离
数据库选型
高可用
14
高级配置
Cromwell配置文件(cromw… · 数据库 · 后端
高级配置
Cromwell
15
网络与安全
跨云VPC对等 · VPN · TLS加密
网络
安全
16
身份与权限管理
云平台AK/SK · IAM角色 · 实例元数据
身份
权限管理
17
元数据与日志管理
Cromwell的元数据存储 · 日志采集(CloudWatch/St…
元数据
日志管理
18
监控告警与仪表盘
Prometheus + Grafa… · 配置关键告警规则
监控告警
仪表盘
19
成本优化
预留实例 · Spot虚拟机 · 任务优先级
成本优化
预留实例
20
性能调优
数据库连接池 · 任务并发数 · 存储请求优化
性能调优
数据库连接池
21
高可用部署
多实例Cromwell + 共享数据… · 故障转移方案
高可用部署
Cromwell
22
容器化部署
Docker Compose打包Cr…
容器化部署
Docker
23
Kubernetes部署
Helm Chart部署Cromwe… · 结合持久卷 · ConfigMap
Kubernetes
部署
24
基础设施即代码
Terraform模块化部署Crom…
基础设施即代码
Terraform
25
配置管理自动化
Ansible Playbook完成… · 配置 · 启动与健康检查
配置管理自动化
Ansible
26
CI/CD集成
将Cromwell部署管道纳入Git… · 自动构建与测试
CI/CD
集成
27
工作流测试与验证
WDL语法检查 · 单元测试(Womtool) · 端到端集成测试方法
工作流测试
验证
28
跨云迁移实战
将工作负载从AWS迁移到GCP或Az… · 注意存储 · 计算
跨云迁移实战
AWS
29
故障排查与兜底
常见错误(连接超时 · 权限拒绝 · 内存不足)
故障排查
兜底
30
最佳实践与生产法则
配置清单 · 安全基线 · 成本控制
最佳实践
生产法则
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