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本课程属于：015-BLAST基因组功能注释 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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BLAST细菌基因组注释与耐药基因分析

共计 30 章节
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01
课程概览
BLAST注释在细菌基因组研究中的作… · 本课程目标与预期产出
课程概览BLAST
02
基因组数据获取
从NCBI Genome数据库下载完…
基因组数据获取NCBI
03
FASTA格式详解
序列文件结构 · 质量检查 · 如何用命令行快速统计序列长度和GC含…
FASTA格式详解
04
BLAST软件家族
blastn · blastp · blastx
BLAST软件家族
05
本地BLAST+安装
Linux下通过conda安装 · Windows下预编译包配置 · 环境变量设置
BLAST+本地
06
构建BLAST数据库
makeblastdb命令详解 · 参数-dbtype · -title
BLAST构建
07
运行blastn
基本命令示例 · 常用参数-word_size · -evalue
blastn运行
08
BLAST输出格式
默认pairwise格式与-outf… · 字段含义解析
BLAST输出格式
09
在线BLAST vs 本地BLAST
NCBI Web BLAST的局限性 · 本地方案的优势与适用场景
BLASTvs
10
批量BLAST
for循环遍历多个查询序列 · 输出文件命名规则与结果合并
BLAST批量
11
并行加速BLAST
利用GNU parallel或xar… · 控制CPU资源
BLAST并行加速
12
结果过滤
基于E-value（70%） · query coverage（>50…
结果过滤E-value
13
基因注释策略设计
从所有BLAST hit中选取最佳匹…
基因注释策略设计BLAST
14
参考数据库选择
NR · NT · Swiss-Prot
参考数据库选择NR
15
基于最佳hit的注释
排序 · 去冗余 · 提取hit的GI/Accession…
hit基于最佳
16
功能注释映射
将BLAST hit的GI号映射到G… · KEGG · COG数据库
功能注释映射BLAST
17
抗生素抗性基因注释
使用CARD数据库本地BLAST · 检测耐药基因
抗生素抗性基因注…CARD
18
毒力因子注释
整合VFDB数据库 · 通过blastp识别毒力因子
毒力因子注释VFDB
19
前噬菌体注释
使用PHASTER在线或本地Prop… · 并用BLAST验证
前噬菌体注释PHASTER
20
基因组岛注释
结合IslandViewer结果 · 用BLAST对预测区域进行功能验证
基因组岛注释IslandViewer
21
Python解析BLAST结果
Biopython的SearchIO… · 提取hit信息
PythonBLAST
22
pandas处理BLAST表格
读取TSV · 清洗重复 · 统计百分数
pandasBLAST
23
自动化注释报告生成
利用Python+Jinja2输出H… · 或pandas导出Excel
自动化注释报告生…Python+Jinja…
24
结果可视化（一）
matplotlib绘制BLAST… · E-value分布直方图
结果可视化matplotlib
25
结果可视化（二）
使用gggenomes或Circli… · 标注基因功能
结果可视化gggenomes
26
常见陷阱与避坑指南
短序列假阳性 · 低复杂度区域过滤 · 数据库版本混乱问题
常见陷阱避坑指南
27
实战案例1
完整注释一个临床分离的E. coli… · 输出完整报告
实战案例1E
28
实战案例2
比较两株细菌的基因差异 · 利用BLAST寻找缺失/特有基因
实战案例2比较两株细菌的基…
29
QA与调试
常见错误（格式不对 · 数据库未建 · 内存不足）及其解决
QA调试
30
总结与进阶
自动化流程（Snakemake/Ne… · 云端部署 · 社区资源推荐
进阶Snakemake/Ne