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BLAST内存容量规划与云端资源调优

共计 30 章节
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01
BLAST工具概述与内存问题背景
BLAST工具概述与内存问题背景 · 核心概念 · 实践要点
BLAST工具概述
02
内存超限的常见原因分析
内存超限的常见原因分析 · 核心概念 · 实践要点
内存超限的常见原…重点
03
BLAST运行环境与资源限制检查
BLAST运行环境与资源限制检查 · 核心概念 · 实践要点
BLAST运行环境
04
Linux系统内存监控命令详解
Linux系统内存监控命令详解 · 核心概念 · 实践要点
Linux系统内存监控命令…
05
BLAST参数对内存的影响
BLAST参数对内存的影响 · 核心概念 · 实践要点
BLAST参数对内存的影响
06
-num_threads参数的合理设置
-num_threads参数的合理设置 · 核心概念 · 实践要点
numthreads
07
-db_size参数与数据库分块
-db_size参数与数据库分块 · 核心概念 · 实践要点
dbsize
08
使用-memory_limit限制内存使用
使用-memory_limit限制内存使… · 核心概念 · 实践要点
memorylimit
09
BLAST+版本差异与内存优化
BLAST+版本差异与内存优化 · 核心概念 · 实践要点
BLAST+版本差异
10
数据库预处理
makeblastdb的优化
数据库预处理makeblastdb
11
查询序列拆分策略
查询序列拆分策略 · 核心概念 · 实践要点
查询序列拆分策略重点
12
批处理脚本设计避免内存堆积
批处理脚本设计避免内存堆积 · 核心概念 · 实践要点
批处理脚本设计避…重点
13
使用GNU Parallel分发任务
使用GNU Parallel分发任务 · 核心概念 · 实践要点
GNUParallel
14
SLURM作业提交脚本的内存设置
SLURM作业提交脚本的内存设置 · 核心概念 · 实践要点
SLURM作业提交脚本的内…
15
PBS/Torque集群的内存请求
PBS/Torque集群的内存请求 · 核心概念 · 实践要点
PBS/Torque集群的内存请求
16
内存泄漏检测工具（Valgrind）使用
内存泄漏检测工具（Valgrind）使用 · 核心概念 · 实践要点
Valgrind内存泄漏检测工具
17
使用top/htop/ps实时监控进程内存
使用top/htop/ps实时监控进程内… · 核心概念 · 实践要点
top/htop/ps使用
18
分析BLAST日志定位内存增长
分析BLAST日志定位内存增长 · 核心概念 · 实践要点
BLAST分析
19
交换空间（swap）对性能的影响
交换空间（swap）对性能的影响 · 核心概念 · 实践要点
swap交换空间
20
单机最大内存限制与内核参数调整
单机最大内存限制与内核参数调整 · 核心概念 · 实践要点
单机最大内存限制内核参数调整
21
大型数据库的mmap使用与优化
大型数据库的mmap使用与优化 · 核心概念 · 实践要点
mmap大型数据库的
22
使用BLAST的-outfmt自定义减少输出内存
使用BLAST的-outfmt自定义减少… · 核心概念 · 实践要点
BLASToutfmt
23
分段比对与结果合并
分段比对与结果合并 · 核心概念 · 实践要点
分段比对结果合并
24
利用Docker容器限制内存
利用Docker容器限制内存 · 核心概念 · 实践要点
Docker利用
25
云环境（AWS/GCP）中BLAST内存配置
云环境（AWS/GCP）中BLAST内存… · 核心概念 · 实践要点
AWS/GCPBLAST
26
内存超限时的错误信息解读
内存超限时的错误信息解读 · 核心概念 · 实践要点
内存超限时的错误…重点
27
案例
全基因组比对内存溢出解决
案例全基因组比对内存…
28
案例
RNA-Seq数据比对内存优化
案例RNA-Seq
29
案例
大规模BLAST作业调度策略
案例BLAST
30
总结
BLAST内存优化的最佳实践
BLAST内存优化的最佳实…