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BLAST比对阈值调优与检测效果评估

共计 30 章节
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01
BLAST简介
什么是BLAST · 发展历史 · 应用场景
BLAST简介
02
BLAST原理
序列比对算法 · 局部比对与全局比对
BLAST原理
03
BLAST程序家族
blastn · blastp · blastx
BLAST程序家族
04
BLAST数据库
NCBI数据库 · 下载与构建本地数据库
BLAST数据库
05
BLAST命令行基础
常用参数 · 输入输出格式
BLAST命令行基础
06
BLAST输出格式
默认格式 · tabular格式 · XML格式
BLAST输出格式
07
evalue参数
含义 · 阈值设置 · 影响
evalue参数
08
word size参数
大小对敏感性和速度的影响
wordsize
09
match/mismatch评分
替换矩阵选择（BLOSUM · PAM）
match/mismat…评分
10
gap penalty参数
gap open · gap extend
gappenalty
11
阈值调优的重要性
假阳性与假阴性平衡
阈值调优的重要性假阳性
12
经验参数推荐
不同场景下的默认值
经验参数推荐不同场景下的默认…
13
利用BLAST+工具进行参数调整
利用BLAST+工具进行参数调整 · 核心概念 · 实践要点
BLAST+利用
14
多线程与性能优化
num_threads参数
多线程性能优化
15
查询序列过滤
dust · seg · soft masking
查询序列过滤dust
16
最大目标序列数目
max_target_seqs · max_hsps
最大目标序列数目max
17
期望值(E-value)阈值调优实战
期望值(E-value)阈值调优实战 · 核心概念 · 实践要点
E-value期望值
18
百分比一致性阈值调优
百分比一致性阈值调优 · 核心概念 · 实践要点
百分比一致性阈值…重点
19
比对长度阈值调优
比对长度阈值调优 · 核心概念 · 实践要点
比对长度阈值调优重点
20
位分数(bit score)阈值调优
位分数(bit score)阈值调优 · 核心概念 · 实践要点
bitscore
21
结合多种参数的策略
结合多种参数的策略 · 核心概念 · 实践要点
结合多种参数的策…重点
22
使用BLAST+的outfmt6进行结果过滤
使用BLAST+的outfmt6进行结果… · 核心概念 · 实践要点
BLAST+outfmt6
23
Python调用BLAST并提取结果
Python调用BLAST并提取结果 · 核心概念 · 实践要点
PythonBLAST
24
自动化参数扫描脚本
自动化参数扫描脚本 · 核心概念 · 实践要点
自动化参数扫描脚…重点
25
ROC曲线与最佳阈值选择
ROC曲线与最佳阈值选择 · 核心概念 · 实践要点
ROC曲线
26
案例
同源基因搜索参数调优
案例同源基因搜索参数…
27
案例
宏基因组分类参数调优
案例宏基因组分类参数…
28
案例
引物设计中的BLAST参数调优
案例BLAST
29
常见错误与调试
常见错误与调试 · 核心概念 · 实践要点
常见错误调试
30
总结与最佳实践
总结与最佳实践 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践总结与最佳实践