VIP20
本课程属于：015-BLAST基因组功能注释 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

BLAST基因组注释Pipeline构建实战

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程导论
基因组注释与BLAST概述
课程导论BLAST
02
BLAST原理简介
算法与评分系统
BLAST原理简介
03
BLAST+软件安装与配置
BLAST+软件安装与配置 · 核心概念 · 实践要点
BLAST+软件安装
04
BLAST数据库介绍与构建（NCBI nt/nr等）
BLAST数据库介绍与构建（NCBI n… · 核心概念 · 实践要点
BLASTNCBI
05
自定义BLAST数据库构建（从基因组序列）
自定义BLAST数据库构建（从基因组序列… · 核心概念 · 实践要点
BLAST自定义
06
BLASTn、BLASTp、BLASTx等常用程序介绍
BLASTn · 核心概念 · 实践要点
BLASTnBLASTp
07
BLAST命令行参数详解（-outfmt等）
BLAST命令行参数详解（-outfmt… · 核心概念 · 实践要点
BLASToutfmt
08
解析BLAST输出格式（Tabular, XML, ASN.1）
解析BLAST输出格式（Tabular · 核心概念 · 实践要点
BLASTTabular
09
使用Python解析BLAST tabular输出（csv, pandas）
使用Python解析BLAST tabu… · 核心概念 · 实践要点
PythonBLAST
10
使用Biopython处理BLAST结果
使用Biopython处理BLAST结果 · 核心概念 · 实践要点
BiopythonBLAST
11
基因组注释概述
重复序列屏蔽
基因组注释概述重复序列屏蔽
12
重复序列屏蔽工具（RepeatMasker）与BLAST结合
重复序列屏蔽工具（RepeatMaske… · 核心概念 · 实践要点
RepeatMaskerBLAST
13
同源比对
利用BLAST进行基因预测
同源比对BLAST
14
基因预测工具（AUGUSTUS、GlimmerHMM）与BLAST整合
基因预测工具（AUGUSTUS · 核心概念 · 实践要点
AUGUSTUSGlimmerHMM
15
功能注释
将BLAST结果映射到GO/KEGG
功能注释BLAST
16
使用InterProScan进行功能域注释
使用InterProScan进行功能域注… · 核心概念 · 实践要点
InterProScan使用
17
数据管理
从BLAST结果构建GFF3注释文件
数据管理BLAST
18
使用Python/Perl脚本化BLAST运行与结果处理
使用Python/Perl脚本化BLAS… · 核心概念 · 实践要点
Python/PerlBLAST
19
构建自动化BLAST注释管道（Shell脚本）
构建自动化BLAST注释管道（Shell… · 核心概念 · 实践要点
BLASTShell
20
使用Snakemake构建可重现的BLAST管道
使用Snakemake构建可重现的BLA… · 核心概念 · 实践要点
SnakemakeBLAST
21
使用Nextflow构建BLAST管道
使用Nextflow构建BLAST管道 · 核心概念 · 实践要点
NextflowBLAST
22
并行化BLAST
多线程与分布式（Slurm）
BLAST并行化
23
容器化BLAST管道（Docker/Singularity）
容器化BLAST管道（Docker/Si… · 核心概念 · 实践要点
BLASTDocker/Singu…
24
管道监控与日志记录
管道监控与日志记录 · 核心概念 · 实践要点
管道监控日志记录
25
性能优化
数据库分区 · 查询分块
性能优化数据库分区
26
结果可视化
Circos图 · 染色体分布图
结果可视化Circos
27
使用JBrowse/IGV展示注释结果
使用JBrowse/IGV展示注释结果 · 核心概念 · 实践要点
JBrowse/IGV使用
28
实战案例
细菌基因组注释Pipeline
实战案例Pipeline
29
实战案例
植物基因组注释Pipeline
实战案例Pipeline
30
课程总结
最佳实践与资源推荐
课程总结最佳实践