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R语言物种丰度表处理与功能富集分析

共计 30 章节
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01
环境与数据准备
R和RStudio安装 · tidyverse包安装 · 丰度数据格式概述
环境数据准备
02
数据读入
readr包读取CSV/TSV · readxl读取Excel · data.table读取大文件
数据读入readr
03
数据清洗基础
处理缺失值 · 删除重复行 · 统一物种/基因命名
数据清洗基础处理缺失值
04
dplyr数据操作
select/filter/muta… · 管道符%>%应用
dplyr数据操作
05
长宽数据转换
tidyr包实现pivot_long… · 应对不同实验设计
长宽数据转换tidyr
06
丰度矩阵标准化
总丰度标准化 · 相对丰度计算 · CPM/TPM/RPKM计算（视数据…
丰度矩阵标准化总丰度标准化
07
基于文库大小的标准化
edgeR的calcNormFact… · DESeq2的size factor · 差异比较
基于文库大小的标…edgeR
08
基于比例的标准化
CSS（metagenomeSeq） · TMM · RLE（DESeq2）
基于比例的标准化CSS
09
log变换与中心化
log2/log10变换 · 中心化与标准化（scale） · 应对零值策略
log变换
10
低丰度过滤
基于出现频率 · 基于均值/中位数 · 基于变异系数
低丰度过滤基于出现频率
11
分类汇总
按物种门/科/属聚合丰度 · 按功能路径聚合 · group_by+summarise…
分类汇总按物种门
12
alpha多样性计算
Shannon · Simpson · Chao1
alpha多样性计算
13
alpha多样性可视化
箱线图 · 小提琴图 · 稀疏曲线
alpha多样性可视化
14
beta多样性计算
Bray-Curtis · Jaccard · UniFrac距离矩阵
beta多样性计算
15
beta多样性可视化
主坐标分析PCoA · 非度量多维尺度NMDS · 排序图绘制
beta多样性可视化
16
分组差异检验PERMANOVA
adonis2使用 · 多组比较 · 配对设计
PERMANOVA分组差异检验
17
差异丰度分析（传统方法）
t检验 · Wilcoxon秩和检验 · 多重检验校正（BH
差异丰度分析传统方法
18
差异丰度分析（统计建模）
DESeq2用于丰度数据（负二项模型… · edgeR使用
差异丰度分析统计建模
19
差异丰度分析（非参数）
LEfSe基本原理 · 运行方式 · LDA阈值设定
差异丰度分析非参数
20
多元回归与协变量校正
MaAsLin2安装与使用 · 调整批次效应 · 连续变量处理
多元回归协变量校正
21
热图可视化
pheatmap包绘制丰度热图 · 添加样本分组注释条 · 颜色方案定制
热图可视化pheatmap
22
相关性网络分析
SpiecEasi构建共现网络 · igraph基本操作 · 网络可视化
相关性网络分析SpiecEasi
23
聚类分析
基于丰度的样本聚类（hclust · kmeans） · 聚类结果热图
聚类分析hclust
24
机器学习特征筛选
随机森林（randomForest） · 变量重要性排序 · 交叉验证评价
机器学习特征筛选randomForest
25
时间序列丰度分析
样条拟合 · 动态趋势聚类（maSigPro） · 周期性检测
时间序列丰度分析样条拟合
26
功能预测初步
PICRUSt2原理 · 安装与运行 · 功能丰度表获取
功能预测初步PICRUSt2
27
通路富集分析
基于功能丰度表进行KEGG/COG富… · Fisher检验 · 条形图展示
通路富集分析KEGG/COG
28
结果报告与表格导出
tidy输出 · write_csv/write_ts… · 格式化p值
结果报告表格导出
29
可重复性分析
sessionInfo记录 · R包版本管理（renv） · 分析脚本结构化
可重复性分析sessionInfo
30
综合实战案例
从原始丰度文件到完整报告（数据清洗-…
综合实战案例从原始丰度文件到…