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R语言物种丰度结果统计与功能关联

共计 30 章节
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01
R语言基础回顾
R与RStudio安装 · 基本数据类型 · 向量与因子
R语言基础回顾RStudio
02
物种丰度数据简介
OTU/ASV表结构 · 常见格式（CSV · TSV
物种丰度数据简介OTU/ASV
03
数据导入与预处理
使用readr · data.table读取数据 · 处理缺失值
数据导入预处理
04
数据标准化方法
总丰度标准化 · CSS · TMM
数据标准化方法总丰度标准化
05
多样性指数计算
Shannon · Simpson · Chao1
多样性指数计算Shannon
06
稀释曲线与物种累积曲线
rarecurve · specaccum · 评估测序深度
稀释曲线物种累积曲线
07
相对丰度分析
计算门/纲/目/科/属水平相对丰度 · 合并归类
相对丰度分析计算门
08
丰度堆叠柱状图
使用ggplot2绘制堆叠柱状图 · 自定义颜色和排序
丰度堆叠柱状图ggplot2
09
丰度热图
pheatmap或ComplexHe… · 聚类行/列
丰度热图pheatmap
10
主坐标分析(PCoA)
基于Bray-Curtis距离 · vegan::cmdscale · 绘制散点图
PCoA主坐标分析
11
非度量多维尺度分析(NMDS)
vegan::metaMDS · 应力值评估 · ordiplot
NMDS非度量多维尺度分…
12
主成分分析(PCA)
基于对数转化或CLR · 使用prcomp或ade4 · 展示样本分布
PCA主成分分析
13
约束排序分析(RDA/CCA)
vegan::rda/cca · 环境因子与丰度关系
RDA/CCA约束排序分析
14
差异丰度分析
DESeq2 · edgeR · limma-voom
差异丰度分析DESeq2
15
LEfSe分析
使用lefse包或运行LEfSe命令… · 绘制LDA柱状图
LEfSe分析
16
随机森林特征筛选
randomForest · 变量重要性排序 · 交叉验证
随机森林特征筛选randomForest
17
线性判别分析(LDA)
MASS::lda · 分类性能评估
LDA线性判别分析
18
共现网络分析
igraph或SpiecEasi · 计算Spearman相关性 · 网络可视化
共现网络分析igraph
19
相关性热图
corrplot或ggcorrplo… · 丰度-环境因子相关性矩阵
相关性热图corrplot
20
曼特尔检验(Mantel test)
vegan::mantel · 检验距离矩阵相关性
Manteltest
21
PERMANOVA(置换多元方差分析)
vegan::adonis2 · 组间差异显著性
PERMANOVA置换多元方差分析
22
ANOSIM/相似性分析
vegan::anosim · 检验组间差异
ANOSIM相似性分析
23
生物标志物筛选与ROC曲线
pROC · 评估分类效果
ROC生物标志物筛选
24
时间序列分析
microeco或ggpubr · 趋势分析和周期性
时间序列分析microeco
25
功能预测(PICRUSt2)
从16S预测功能 · 数据导入与差异分析
PICRUSt2功能预测
26
环境因子PCA与相关性
hmsisc或car · 可视化环境变量
PCA环境因子
27
物种与功能关联分析
Mantel test或Procru… · 整合多组学
物种功能关联分析
28
报告自动化生成
R Markdown或Quarto · 生成可复现的分析报告
报告自动化生成Markdown
29
批量分析与循环
编写函数和循环 · 处理多数据集或重抽样
批量分析循环
30
结果解释与发表级图表
主题美化 · 图片导出 · 图例处理
结果解释发表级图表