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MetaPhlAn参数配置详解与优化技巧

共计 30 章节
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01
MetaPhlAn概述
MetaPhlAn介绍 · 发展历程 · 主要功能和应用场景
MetaPhlAn介绍
02
MetaPhlAn安装与配置
conda安装 · PyPI安装 · 依赖管理
MetaPhlAn安装
03
MetaPhlAn数据库下载与更新
数据库版本选择 · 自动下载 · 手动下载
MetaPhlAn数据库下载
04
MetaPhlAn基本用法
运行metaphlan命令 · 输入文件格式（FASTQ/BAM） · 输出文件格式
MetaPhlAn基本用法
05
参数详解
--input_type选项（fas… · bam · sam）及其适用场景
参数详解input
06
参数详解
--bowtie2db指定数据库路径…
参数详解bowtie2db
07
参数详解
--nproc设置线程数 · 平衡速度与内存
参数详解nproc
08
参数详解
--x_index_build与数据…
参数详解index
09
参数详解
--tax_lev设置分类级别（ki…
参数详解tax
10
参数详解
--trel_version与tre…
参数详解trel
11
参数详解
--stat_q指定统计量（均值 · 中位数 · 众数）
参数详解stat
12
参数详解
--min_cu_len与--min…
参数详解min
13
参数详解
--ignore_viruses · --ignore_eukaryote…
参数详解ignore
14
参数详解
--unclassified_est…
参数详解unclassified
15
参数详解
--presence_thresho…
参数详解presence
16
参数详解
--marker_selection…
参数详解marker
17
参数详解
--output_file与输出文件…
参数详解output
18
优化技巧
选择合适的数据库版本（mpa_v30…
优化技巧mpa
19
优化技巧
合理设置线程数 · 避免内存溢出
优化技巧合理设置线程数
20
优化技巧
使用BAM输入加速（先比对再prof…
优化技巧BAM
21
优化技巧
合并多个样本结果（merge_met…
优化技巧merge
22
优化技巧
利用StrainPhlAn进行菌株定…
优化技巧StrainPhlAn
23
优化技巧
处理低质量数据时的参数调整
优化技巧处理低质量数据时…
24
参数调优案例
针对宿主污染样本的配置
参数调优案例针对宿主污染样本…
25
参数调优案例
针对低生物量样本的配置
参数调优案例针对低生物量样本…
26
输出结果解读
profile文件列含义（clade… · NCBI_tax_id · relative_abundance…
输出结果解读profile
27
输出结果解读
覆盖度 · coverage等指标含义
输出结果解读覆盖度
28
与其他工具整合
集成LEfSe · HUMAnN2进行下游分析
其他工具整合LEfSe
29
常见错误与解决方法
数据库错误 · 内存不足 · 版本兼容性
常见错误解决方法
30
MetaPhlAn4新特性
扩增子模式 · 新数据库 · 新参数
MetaPhlAn4新特性