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Kraken2物种丰度分析Pipeline搭建教程

共计 30 章节

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Kraken2简介与宏基因组学基础 · 宏基因组学概念 · 物种丰度分析的意义

Kraken2核心原理 · LCA算法 · 分类树结构与置信度评分

Kraken2核心原理

环境准备 · Python环境配置（需Python…

环境准备Python

Kraken2安装 · 源码编译安装 · 验证安装

Bracken安装与原理 · 安装方法与基本参数

Kraken2数据库概述 · 自定义库 · 数据库大小与内存权衡

Kraken2数据库概述

下载预构建数据库 · 手动下载与解压

下载预构建数据库手动下载

构建自定义数据库 · 索引构建 · 库文件配置

构建自定义数据库索引构建

数据库管理与更新：添加新物种 · 删除旧物种 · 定期更新策略

数据库管理更新

数据预处理——质控与修剪 · Trimmomatic/bbduk去… · 低质量过滤

数据预处理质控

Kraken2分类运行基础命令 · 输出格式解读（分类ID · 读长数

Kraken2分类运行基础命令

Kraken2高级参数调优 · --minimum-hit-grou… · --memory-mapping等

Kraken2高级参数调优

Bracken丰度估计运行

Bracken丰度估计运行

结果解析——Kraken2报告文件 · 百分比 · 分类层级解读

Kraken2结果解析

结果解析——Bracken丰度表 · 标准化与归一化

Bracken结果解析

多样本并行分析 · Snakemake工作流入门

多样本并行分析Snakemake

Python脚本解析Kraken2结… · 过滤低置信度 · 提取物种列表

Python脚本生成丰度热图

Python脚本生成丰度热图

Krona交互式可视化 · 将Kraken2输出转换为Krona…

Krona交互式可视化

Pavian可视化工具 · 交互式探索分类树

Pavian可视化工具

差异丰度分析

差异丰度分析重点

Alpha多样性分析：Shannon · Simpson · Observed OTUs计算与比较

Beta多样性分析：PCoA · NMDS降维 · Bray-Curtis距离计算

整合质控与分类的完整Pipeline

Pipeline整合质控

使用Snakemake构建可重复Pi… · 规则依赖 · 资源管理

错误处理与日志记录：stderr捕获 · 重试机制 · 日志轮转

stderr错误处理

常见问题与避坑：内存不足 · 数据库路径错误 · 版本兼容性

常见问题避坑

性能优化：使用SSD · 大内存服务器 · 多线程调优

SSD性能优化

实战案例一

实战案例一重点

实战案例二

实战案例二重点