VIP20
本课程属于：010-宏基因组物种丰度分析 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Kraken2与MetaPhlAn物种分类性能对比

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
宏基因组分类工具概述
为什么要比较Kraken2与Meta…
宏基因组分类工具…Kraken2
02
Kraken2原理详解
k-mer匹配与LCA算法
Kraken2原理详解
03
MetaPhlAn原理详解
标记基因与谱系划分
MetaPhlAn原理详解
04
数据库构建
Kraken2的RefSeq/Sta…
数据库构建Kraken2
05
数据库构建
MetaPhlAn的marker基因…
数据库构建MetaPhlAn
06
安装Kraken2
Conda与二进制方式
Kraken2安装
07
安装MetaPhlAn
Conda与pip方式
MetaPhlAn安装
08
Kraken2基本使用
kraken2命令参数详解
Kraken2基本使用
09
MetaPhlAn基本使用
metaphlan命令参数详解
MetaPhlAn基本使用
10
Kraken2输出格式
report与classified文…
Kraken2输出格式
11
MetaPhlAn输出格式
mpa与biom文件解析
MetaPhlAn输出格式
12
速度与内存对比
不同规模数据下的性能测试
速度内存对比
13
准确性对比
模拟数据集（CAMISIM等）评估
准确性对比CAMISIM
14
敏感性分析
低丰度物种的检出能力
敏感性分析低丰度物种的检出…
15
特异性分析
假阳性率与污染控制
特异性分析假阳性率
16
分类层级差异
Kraken2（株级）vs Meta…
分类层级差异Kraken2
17
丰度估计
Bracken（Kraken2后处理…
丰度估计Bracken
18
未知/新物种检测
Kraken2的数据库未覆盖物种处理
未知新物种检测
19
自定义数据库构建
Kraken2-build的高级用法
自定义数据库构建Kraken2-buil…
20
自定义标记基因集
MetaPhlAn的个性化扩展
自定义标记基因集MetaPhlAn
21
实际案例
人体肠道微生物组分析全流程
实际案例人体肠道微生物组…
22
实际案例
环境土壤样本分析对比
实际案例环境土壤样本分析…
23
结果可视化
KrakenTools（Kraken… · Kreport等）
结果可视化KrakenTools
24
结果可视化
MetaPhlAn的plot_met…
结果可视化MetaPhlAn
25
与其他工具整合
MetaPhlAn + HUMAnN…
其他工具整合MetaPhlAn
26
与其他工具整合
Kraken2 + Pavian +…
其他工具整合Kraken2
27
资源需求详解
CPU核心数 · 内存 · 磁盘占用对比
资源需求详解CPU
28
社区与维护
版本更新频率 · Issue反馈 · 文档质量
社区维护
29
选择建议
什么场景用Kraken2？什么场景用…
选择建议Kraken2
30
总结与未来展望
两种工具的互补性与发展趋势
未来展望两种工具的互补性