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项目实战问答：物种丰度分析经验

共计 30 章节
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01
物种丰度分析概述
什么是物种丰度 · 为什么做丰度分析 · 应用场景
物种丰度分析概述什么是物种丰度
02
数据来源与格式
16S/18S/ITS扩增子测序 · 宏基因组 · 格式fasta/fastq
数据来源格式
03
实验设计注意事项
分组设置 · 生物学重复 · 测序深度
实验设计注意事项分组设置
04
上游分析流程简介
QIIME2 · mothur · USEARCH等工具链选择
上游分析流程简介QIIME2
05
数据质控与过滤
去除低质量序列 · 嵌合体检测 · 长度过滤
数据质控过滤
06
OTU/ASV聚类
操作分类单元 · DADA2降噪 · 特征表生成
OTU/ASV聚类
07
物种注释
Silva/GTDB/UNITE数据… · 分类学分配
物种注释Silva/GTDB/U…
08
丰度矩阵构建
特征表标准化 · 相对丰度 · 绝对丰度
丰度矩阵构建特征表标准化
09
数据预处理
抽平（rarefaction）与稀疏…
数据预处理rarefaction
10
α多样性指标
Shannon · Simpson · Chaol
α多样性指标Shannon
11
α多样性可视化
箱线图 · 小提琴图 · 稀释曲线（rarefaction c…
α多样性可视化箱线图
12
α多样性统计分析
t检验 · ANOVA · Kruskal-Wallis
α多样性统计分析t检验
13
β多样性距离
Bray-Curtis · Jaccard · UniFrac（加权/非加权）
β多样性距离Bray-Curtis
14
β多样性排序分析
主坐标分析（PCoA） · NMDS · PCA
β多样性排序分析PCoA
15
β多样性可视化
散点图 · 置信椭圆 · 颜色映射分组
β多样性可视化散点图
16
差异丰度分析基础
边缘化检验 · Fisher检验 · chi-square检验
差异丰度分析基础边缘化检验
17
差异丰度进阶
DESeq2 · edgeR · ANCOM-BC
差异丰度进阶DESeq2
18
LEfSe实战
线性判别分析 · 效应量排序 · 聚类树
LEfSe线性判别分析
19
物种组成堆叠图
ggplot2/Plotly绘制柱状… · 百分比展示
物种组成堆叠图ggplot2/Plot…
20
热图与聚类分析
丰度热图 · 样本与物种聚类树
热图聚类分析
21
关联网络分析
Spearman/Pearson相关… · 网络图绘制（Cytoscape/R）
关联网络分析Spearman/Pea…
22
功能预测
PICRUSt2 · Tax4Fun2 · FAPROTAX
功能预测PICRUSt2
23
丰度分析中的多重比较校正
Bonferroni · FDR · Benjamini-Hochberg
丰度分析多重比较校正
24
抽样偏差与批次效应矫正
ComBat · RUVSeq · 基于比例的方法
抽样偏差批次效应矫正
25
重复性与可重复性
固定随机种子 · 记录软件版本 · 参数文件
重复性可重复性
26
可视化的配色与排版
色盲友好 · 分面图 · 标注显著性
可视化的配色排版
27
报告生成自动化
R Markdown · Quarto · Jupyter Notebook
报告生成自动化Markdown
28
常见错误与避坑
零膨胀 · 稀疏样本剔除 · 过度解释
常见错误避坑
29
实战案例
肠道菌群比较 · 土壤微生物群落分析 · 水体监测
实战案例肠道菌群比较
30
课程总结与进阶方向
机器学习引入 · 多组学整合 · 时间序列分析
课程总结进阶方向