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物种丰度BIOM格式转换与数据一致性校验

共计 30 章节
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01
BIOM格式概述
什么是BIOM格式 · 发展历史 · 在微生物组研究中的作用
BIOM格式概述
02
物种丰度数据简介
OTU/ASV表格 · 样本-物种矩阵 · 常见数据格式（如TSV
物种丰度数据简介OTU/ASV
03
BIOM格式结构详解
观察表 · 特征表 · 元数据
BIOM格式结构详解
04
BIOM格式版本差异
BIOM 1.0 vs 2.0 · HDF5 vs JSON
BIOM格式版本差异
05
安装BIOM工具包
conda安装 · pip安装 · 源码编译
BIOM安装
06
BIOM命令行工具入门
biom命令的常用子命令概览
BIOM命令行工具入门
07
使用biom convert将TSV转换为BIOM
基本语法 · 参数说明 · 示例
biomconvert
08
使用biom convert将CSV转换为BIOM
分隔符处理 · 行列转置选项
biomconvert
09
添加样本元数据
-m参数 · 元数据文件格式要求
添加样本元数据m参数
10
添加特征元数据
--observation-meta…
添加特征元数据observation-…
11
处理缺失值和异常值
数据清洗 · 空值处理 · 类型转换
处理缺失值异常值
12
BIOM格式验证
biom validate命令 · 常见错误及解决
BIOM格式验证
13
使用Python的BIOM库读取BIOM文件
安装biom-format包 · 加载表格
PythonBIOM
14
使用Python创建BIOM表格
从pandas DataFrame构…
PythonBIOM
15
使用Python添加元数据
样本元数据 · 观察元数据
Python使用
16
使用Python写入BIOM文件
biom.Table.to_hdf5…
PythonBIOM
17
BIOM表格的合并与拆分
merge表 · subsample · filter
BIOM表格的合并
18
BIOM表的基本操作
统计 · 转置 · 排序
BIOM表的基本操作
19
BIOM表与QIIME2的集成
QIIME2的BIOM导出导入
BIOMQIIME2
20
BIOM表与R语言交互
使用rhdf5 · biomformat包
BIOMR语言交互
21
生物分类信息添加
将物种注释（如Greengenes · SILVA）整合到BIOM
生物分类信息添加Greengenes
22
功能预测结果转BIOM
PICRUSt · Tax4Fun等输出转换
BIOM功能预测结果转
23
大规模批量转换
编写脚本批量处理多个样本的丰度表
大规模批量转换编写脚本批量处理…
24
BIOM文件压缩与解压缩
gzip压缩 · HDF5压缩选项
BIOM文件压缩
25
BIOM表的可视化
使用biom summarize查看…
BIOM表的可视化
26
BIOM格式的常见问题排查
数据不一致 · 内存不足 · 格式错误
BIOM格式的常见问题排…
27
使用Shell脚本自动化转换流程
结合find · xargs等
Shell使用
28
实战案例一
从16S测序的OTU表到BIOM转化…
实战案例一OTU
29
实战案例二
宏基因组物种丰度表处理与BIOM转换
实战案例二BIOM
30
课程总结与进阶资源
推荐学习路径 · BIOM生态工具 · 社区资源
课程总结进阶资源