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edgeR准似然差异表达建模与统计推断

共计 30 章节
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01
edgeR概述
背景 · 应用场景与基本概念（RNA-seq差…
edgeR背景
02
准似然方法简介
为什么在edgeR中引入准似然（QL… · 与标准似然对比
准似然方法简介edgeR
03
负二项模型基础
edgeR中count数据的分布假设 · 均值与方差关系
负二项模型基础edgeR
04
均值-方差关系
生物学变异与技术变异的建模 · dispersion参数含义
均值方差关系
05
离散度估计策略
common · trended · tagwise离散度估计的差异与适用…
离散度估计策略common
06
准似然泊松模型
从负二项到准似然泊松的转换 · QL伪数据
准似然泊松模型从负二项到准似然…
07
QL离散度估计
使用准似然对数似然函数估计散度 · Robust估计
QL离散度估计
08
差异表达分析的QL检验框架
glmQLFit + glmQLFT…
QL差异表达分析的
09
拟合准似然广义线性模型
glmQLFit函数的输入 · 参数与内部运算
拟合准似然广义线…glmQLFit
10
构建DGEList对象
从原始count矩阵创建edgeR数… · 注释信息
DGEList构建
11
过滤低表达基因
cpm过滤 · keep genes策略 · 对后续检验的影响
过滤低表达基因cpm
12
标准化
TMM方法原理 · calcNormFactors的使用…
标准化TMM
13
设计矩阵与对比
公式与模型矩阵的构建 · 多组比较的contrast参数
设计矩阵对比
14
估计离散度
estimateDisp函数的常用参… · tagwise）
估计离散度estimateDisp
15
准似然拟合
glmQLFit详细参数（dispe… · robust · coef等）
准似然拟合glmQLFit
16
准似然检验
glmQLFTest的两种对比方式（…
准似然检验glmQLFTest
17
结果提取与排序
topTags函数 · logFC · FDR
结果提取排序
18
多重假设检验校正
BH（Benjamini-Hochb…
多重假设检验校正BH
19
可视化
火山图 · MA图绘制 · 基因标注与阈值线的添加
可视化火山图
20
热图与聚类
对显著基因进行层次聚类 · pheatmap应用示例
热图聚类
21
基因集富集分析（GSEA）
基于camera方法的富集分析与准似…
GSEA基因集富集分析
22
与exactTest方法比较
QL方法相对于经典负二项精确检验的优…
exactTest方法比较
23
与DESeq2比较
两种主流方法的原理差异与实际选择建议
DESeq2比较
24
样本量计算与统计功效
使用QL方法评估检测差异基因的样本量…
样本量计算统计功效
25
批次效应处理
使用limma的removeBatc…
批次效应处理limma
26
多因素实验设计
因子型设计矩阵 · 交互项在QL模型中的实现
多因素实验设计因子型设计矩阵
27
复杂对比（交互项等）
构建任意线性组合的contrast进…
复杂对比交互项等
28
实际数据分析案例
模拟RNA-seq数据或真实数据集（… · 人类）完整流程
实际数据分析案例RNA-seq
29
常见问题与调试
负离散度警告 · 拟合失败 · 内存不足等问题的解决
常见问题调试
30
总结与推荐流程
从数据预处理到报告输出的最佳实践路线…
推荐流程从数据预处理到报…