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RNA-seq数据质控至差异结果可视化

共计 30 章节
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01
RNA-seq基础
RNA-seq技术原理 · 应用场景 · 数据类型与常见平台
RNA-seq技术原理
02
实验设计
生物学重复设计 · 批次效应控制 · 测序深度与覆盖度选择
实验设计生物学重复设计
03
数据获取
公共数据库（GEO/SRA/ENA）… · FASTQ格式详解
数据获取GEO/SRA/ENA
04
环境搭建
Linux基础 · conda与mamba管理软件 · R/Bioconductor安装
环境搭建Linux
05
质量控制（一）
FastQC质量报告解读 · MultiQC整合多个样本
质量控制FastQC
06
质量控制（二）
Trimmomatic/ cutad… · 过滤原则
质量控制Trimmomatic
07
质量控制（三）
质量评估指标（GC含量 · 重复率 · 接头污染）及异常处理
质量控制GC
08
比对软件（一）
STAR比对器原理 · 索引构建 · 双端比对参数
比对软件STAR
09
比对软件（二）
HISAT2 · Salmon/ kallisto伪比…
比对软件HISAT2
10
定量表达（一）
featureCounts与HTSe…
定量表达featureCount…
11
定量表达（二）
TPM/FPKM/RPKM计算与标准…
定量表达TPM/FPKM/RPK…
12
定量表达（三）
转录本水平定量（StringTie）…
定量表达StringTie
13
差异表达分析概述
统计模型 · 负二项分布 · 多重假设检验校正
差异表达分析概述统计模型
14
DESeq2（一）
输入数据格式 · 构建DESeqDataSet · 差异表达检测流程
DESeq2输入数据格式
15
DESeq2（二）
结果解读（log2 fold cha… · p-value · padj）
DESeq2log2
16
edgeR
DGEList创建 · TMM标准化 · 精确检验与广义线性模型
edgeRDGEList
17
limma-voom
适用于微阵列与RNA-seq的线性模…
limma-voomRNA-seq
18
结果过滤与排序
显著性阈值设定 · 排序与导出 · Venn图比较
结果过滤排序
19
富集分析（一）
GO功能富集（clusterProf… · KEGG通路分析
富集分析GO
20
富集分析（二）
GSEA基因集富集分析原理与实现 · 分子特征数据库MSigDB
富集分析GSEA
21
富集分析（三）
Over-Representatio… · 网络可视化（enrichmentMa…
富集分析Over-Represe…
22
可视化（一）
火山图 · MA图 · 热图与聚类
可视化火山图
23
可视化（二）
通路图（pathview） · 基因表达趋势图 · PCA与t-SNE
可视化pathview
24
批次效应校正
ComBat · limma的removeBatchE… · RUVseq方法
批次效应校正ComBat
25
多组比较
两两比较 · ANOVA-like分析 · 对比矩阵设置
多组比较两两比较
26
时间序列分析
maSigPro · ImpulseDE2 · 趋势聚类
时间序列分析maSigPro
27
单细胞RNA-seq与bulk差异分析对比
伪bulk · scDE方法简介
RNA-seqbulk
28
整合多组学
差异表达与表观组 · 蛋白组关联思路
整合多组学差异表达
29
实战案例（一）
从FASTQ到差异基因列表完整流程（…
实战案例FASTQ
30
实战案例（二）
非模式物种 · 无参转录组差异表达分析要点与总结
实战案例非模式物种