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RNA-seq多重检验校正与显著性阈值评估

共计 30 章节
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01
引言
为什么RNA-seq数据分析需要进行…
引言RNA-seq
02
多重假设检验的基本概念
假阳性率 · 家族错误率（FWER） · 错误发现率（FDR）
多重假设检验的基…假阳性率
03
p值校正常见方法概述
Bonferroni · Holm · Benjamini-Hochberg
p值校正常见方法…Bonferroni
04
Bonferroni校正
原理 · 适用场景 · 优缺点
Bonferroni校正
05
Holm校正
逐步递减的Bonferroni方法
Holm校正
06
Benjamini-Hochberg (BH) 方法
控制FDR的原理
Benjamini-Ho…BH
07
Benjamini-Yekutieli (BY) 方法
针对依赖性的校正
Benjamini-Ye…BY
08
Storey's q-value方法
基于p值分布估计真阳性比例
Storeyq-value
09
局部FDR（locfdr）方法
局部FDR（locfdr）方法 · 核心概念 · 实践要点
FDRlocfdr
10
不同校正方法在RNA-seq数据中的表现比较
不同校正方法在RNA-seq数据中的表现… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq不同校正方法
11
p值分布与偏差检测
如何判断p值分布是否合理
p值分布偏差检测
12
当p值分布偏离均匀分布时的问题及处理
当p值分布偏离均匀分布时的问题及处理 · 核心概念 · 实践要点
当p值分布偏离均…处理
13
样本量对多重假设检验的影响
小样本下的校正挑战
样本量对多重假设…小样本下的校正挑…
14
批次效应对p值校正的影响
批次效应对p值校正的影响 · 核心概念 · 实践要点
批次效应对p值校…重点
15
基因表达中假设检验的相关性对FDR控制的影响
基因表达中假设检验的相关性对FDR控制的… · 核心概念 · 实践要点
FDR基因表达
16
使用经验贝叶斯方法提高校正效果（如limma）
使用经验贝叶斯方法提高校正效果（如lim… · 核心概念 · 实践要点
limma使用经验贝叶斯方…
17
RNA-seq中的零膨胀与低表达基因对p值分布的影响
RNA-seq中的零膨胀与低表达基因对p… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seq零膨胀
18
多重假设检验中的先验信息整合
多重假设检验中的先验信息整合 · 核心概念 · 实践要点
多重假设检验先验信息整合
19
计算资源的考虑
大规模基因组的p值校正效率
计算资源的考虑大规模基因组的p…
20
使用R进行p值校正
p.adjust函数及其参数
使用R进行p值校…p.adjust
21
使用Python进行p值校正
statsmodels.multip…
Python使用
22
可视化p值分布
直方图 · QQ图 · 火山图
可视化p值分布直方图
23
如何选择适当的显著性阈值（p值 cutoff 与q值 cutoff）
如何选择适当的显著性阈值（p值 cuto… · 核心概念 · 实践要点
cutoff如何选择适当的显…
24
多重假设检验校正结果在论文中的规范报告
多重假设检验校正结果在论文中的规范报告 · 核心概念 · 实践要点
多重假设检验校正…论文
25
常见误区
将校正后p值与原始p值混淆
常见误区将校正后p值
26
重复验证与独立数据集验证对假阳性控制的意义
重复验证与独立数据集验证对假阳性控制的意… · 核心概念 · 实践要点
重复验证独立数据集验证对…
27
置换检验与多重假设检验校正的结合应用
置换检验与多重假设检验校正的结合应用 · 核心概念 · 实践要点
置换检验多重假设检验校正…
28
软件工具
使用edgeR · DESeq2内置的多重检验校正
软件工具edgeR
29
案例解析
一个完整的RNA-seq差异表达分析…
案例解析RNA-seq
30
总结与最佳实践
如何避免多重假设检验陷阱
最佳实践如何避免多重假设…