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GEO表达数据挖掘与差异基因网络分析

共计 30 章节
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01
GEO数据库概述
发展历史 · 数据规模 · 数据类型（Series
GEO数据库概述
02
GEO数据库访问与检索
NCBI网站搜索技巧 · GEO2R在线工具使用 · 批量记录筛选
GEO数据库访问
03
R环境与GEOquery包
安装配置 · getGEO函数详解 · 下载表达矩阵与元数据
GEOqueryR环境
04
表达矩阵预处理
探针ID到基因Symbol的映射（使… · 去除重复基因
表达矩阵预处理ID
05
缺失值处理与标准化
缺失值插补（knn · 中位数） · log2转换
缺失值处理标准化
06
差异表达分析基础
fold change · p-value · 多重假设检验校正（BH
差异表达分析基础fold
07
limma包实战
设计矩阵构建 · 对比矩阵设定 · lmFit + eBayes
limma包实战
08
DESeq2包实战（RNA-seq数据）
DESeqDataSet对象 · 差异分析流程 · 结果提取与过滤
DESeq2RNA-seq
09
edgeR包实战
DGEList对象 · calcNormFactors · exactTest或glmQLFTe…
edgeR包实战
10
差异表达可视化
火山图（ggplot2） · MA图 · pheatmap热图（标注分组与基因…
差异表达可视化ggplot2
11
样本相关性分析
PCA图 · 样本聚类树 · 表达量热图
样本相关性分析PCA
12
数据质量控制
RNA-seq的FastQC + M… · microarray的NUSE/RL… · affyQCReport
数据质量控制RNA-seq
13
批次效应检测与校正
limma的removeBatchE… · ComBat（sva包） · Harmony（单细胞适用）
批次效应检测校正
14
功能富集分析基础
GO（BP/CC/MF） · KEGG通路 · Reactome
功能富集分析基础GO
15
clusterProfiler GO富集
bitr基因ID转换 · enrichGO · dotplot
clusterProfi…GO
16
clusterProfiler KEGG富集
enrichKEGG · 通路关系图 · KEGG视图截图
clusterProfi…KEGG
17
基因集富集分析GSEA
排序基因列表构建 · fgsea包 · GSEA图（gseaplot2）
GSEA基因集富集分析
18
GSEA可视化进阶
山脊图（ridgeplot） · gseaplot2定制 · 多个富集结果对比
GSEA可视化进阶
19
蛋白互作网络PPI
STRING数据库查询 · igraph构建网络 · Cytoscape替代
PPI蛋白互作网络
20
转录因子预测
Enrichr在线工具 · TF靶基因库（TRRUST · HTRI）
转录因子预测Enrichr
21
共表达网络WGCNA（一）
软阈值选择 · 邻接矩阵与TOM · 模块识别
WGCNA共表达网络
22
共表达网络WGCNA（二）
模块-性状关联热图 · 关键模块基因筛选 · 功能富集
WGCNA共表达网络
23
ceRNA网络构建
miRNA-靶基因预测（miRTar… · TargetScan） · lncRNA-miRNA互作
ceRNA网络构建
24
免疫浸润分析
CIBERSORT（LM22免疫细胞… · ESTIMATE评分 · ssGSEA
免疫浸润分析CIBERSORT
25
GEO数据meta分析
多数据集整合（ComBat去批次） · 合并差异分析（metaDE包） · 森林图
GEOmeta
26
机器学习特征选择
LASSO回归（glmnet包） · 随机森林（randomForest） · SVM-RFE
机器学习特征选择LASSO
27
诊断模型构建与评价
逻辑回归 · ROC曲线（pROC包） · 列线图（rms包）
诊断模型构建评价
28
生存分析基础与实战
Kaplan-Meier曲线（sur… · log-rank检验 · Cox回归（forestplot）
生存分析基础Kaplan-Meier
29
综合项目实战（一）
选题来源（疾病数据库） · 数据下载 · 预处理
综合项目实战选题来源
30
综合项目实战（二）
富集分析 · WGCNA/免疫浸润 · 模型构建
综合项目实战富集分析