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DESeq2差异表达参数敏感性与结果验证

共计 30 章节
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01
认识DESeq2
差异表达分析的核心思想与参数概览
DESeq2认识
02
数据输入与DESeqDataSet构建
countData · colData与design公式
DESeqDataSet数据输入
03
设计公式设计
因子 · 交互项与批次效应处理
设计公式设计因子
04
估计大小因子（sizeFactors）
方法与影响
sizeFactors估计大小因子
05
估计离散度（estimateDispersions）
参数method · fitType
estimateDisp…估计离散度
06
fitType参数详解
parametric · local与mean的适用场景
fitType参数详解
07
离散度先验与收缩
bbPrior与minmu的影响
离散度先验收缩
08
对数倍数变化收缩（lfcShrink）
四种方法（normal · apeglm · ashr
lfcShrink对数倍数变化收缩
09
检验方法选择
Wald检验与LRT似然比检验
检验方法选择Wald
10
零假设与对比
results函数中的contras…
零假设对比
11
p值调整方法
pAdjustMethod的多种选择… · BY · bonferroni等）
p值调整方法pAdjustMetho…
12
显著阈值alpha
对差异基因数量的影响
alpha显著阈值
13
独立过滤（independentFiltering）
原理与参数minReplicates · filterFun
independentF…独立过滤
14
Cook距离过滤（cooksCutoff）
异常样本检测与处理
CookcooksCutoff
15
倍数变化阈值（lfcThreshold）
定义生物学显著性的切点
lfcThreshold倍数变化阈值
16
结果提取与排序
results · lfcShrink · order
结果提取排序
17
多重比较与对比矩阵
多个组别之间的两两比较
多重比较对比矩阵
18
time-series分析
使用LRT检验时间趋势因子
time-series分析
19
没有重复样本时的处理
参数test · fitType与bayesian方法
没有重复样本时的…test
20
批次效应校正
设计公式中包含批次变量
批次效应校正设计公式
21
基因过滤
rowSums · minCount · minTotalCount等预处理参…
基因过滤rowSums
22
拟合类型对低表达基因的影响
parametric vs loca…
拟合类型对低表达…parametric
23
离散度估计中的outlier处理
useT · minDisp · maxDisp
outlier离散度估计
24
先验权重与基因特异性分散
基因长度 · GC含量校正
先验权重基因特异性分散
25
results函数中的altHypothesis
greater · less · twoSided的影响
resultsaltHypothesi…
26
合并分析（合并 replicate 或 跨批次）
collapseReplicates…
replicate合并分析
27
并行计算与内存管理
BPPARAM参数与大数据集优化
并行计算内存管理
28
结果可视化与诊断
plotMA · plotDispEsts · plotCounts对参数选择的反馈
结果可视化诊断
29
参数组合实验
如何系统评估不同参数组合对结果稳定性…
参数组合实验如何系统评估不同…
30
常见陷阱与最佳实践
参数选择的经验总结与工作流推荐
常见陷阱最佳实践