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DESeq2差异分析参数优化与检出率评估

共计 30 章节
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01
RNA-seq差异表达分析概述与DESeq2简介
RNA-seq差异表达分析概述与DESe… · 核心概念 · 实践要点
RNA-seqDESeq2
02
DESeq2安装与数据准备（count矩阵、样本信息）
DESeq2安装与数据准备（count矩… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2count
03
DESeq2基本流程
构建dds对象 · 执行差异分析
DESeq2基本流程
04
理解DESeq2统计模型
负二项分布与缩并估计
DESeq2理解
05
参数调优概述
哪些参数影响差异检出率
参数调优概述哪些参数影响差异…
06
FDR控制方法选择
BH · BY · IHW等
FDR控制方法选择
07
fold change阈值设定
lfcthreshold与逻辑
foldchange
08
独立过滤（independent filtering）原理与参数
独立过滤（independent fil… · 核心概念 · 实践要点
independentfiltering
09
使用results函数的cooksCutoff处理异常值
使用results函数的cooksCut… · 核心概念 · 实践要点
resultscooksCutoff
10
先验散布估计
fitType参数（parametr… · local · mean）
先验散布估计fitType
11
使用betaPrior进行零膨胀调整
使用betaPrior进行零膨胀调整 · 核心概念 · 实践要点
betaPrior使用
12
使用test参数
Wald检验 vs LRT
test使用
13
多重假设检验的p值调整
pAdjustMethod选项
多重假设检验的p…pAdjustMetho…
14
shrinkFoldChange
使用apeglm简化估算
shrinkFoldCh…apeglm
15
使用DESeq2的对比设计（contrasts）与模型矩阵
使用DESeq2的对比设计（contra… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2contrasts
16
批次效应处理
在模型中包含批次变量
批次效应处理模型
17
离群点识别与替代检验（IfcShrink）
离群点识别与替代检验（IfcShrink… · 核心概念 · 实践要点
IfcShrink离群点识别
18
交互项与时间序列分析中的参数
交互项与时间序列分析中的参数 · 核心概念 · 实践要点
交互项时间序列分析
19
低表达基因过滤
preFilter与cooksCut…
低表达基因过滤preFilter
20
使用DESeq2的dataTransformations
vst与rlog
DESeq2dataTransfor…
21
参数调优策略
交叉验证与模拟数据
参数调优策略交叉验证
22
使用DESeq2的outlier detection替代方法
使用DESeq2的outlier det… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2outlier
23
使用DESeq2的normalization方法比较
使用DESeq2的normalizati… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2normalizatio…
24
调整最小均数过滤（minReplicatesForReplace）
调整最小均数过滤（minReplicat… · 核心概念 · 实践要点
minReplicate…调整最小均数过滤
25
使用DESeq2的cooksCutoff与independentFilterin
使用DESeq2的cooksCutoff… · 核心概念 · 实践要点
DESeq2cooksCutoff
26
参数调优实战案例1
临床样本差异分析
参数调优实战案例…临床样本差异分析
27
参数调优实战案例2
时间序列数据集
参数调优实战案例…时间序列数据集
28
参数调优实战案例3
有批次效应的数据集
参数调优实战案例…有批次效应的数据…
29
结果评估
ROC曲线与假阳性率评估
结果评估ROC
30
总结与最佳实践建议
总结与最佳实践建议 · 核心概念 · 实践要点
最佳实践建议总结与最佳实践建…