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DESeq2参数配置优化差异检测教程

共计 30 章节
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01
DESeq2简介
背景 · 原理 · 与edgeR/limma的比较
DESeq2简介
02
R与Bioconductor环境搭建
R与Bioconductor环境搭建 · 核心概念 · 实践要点
BioconductorR
03
DESeq2安装与依赖包管理
DESeq2安装与依赖包管理 · 核心概念 · 实践要点
DESeq2安装
04
输入数据格式
count矩阵与样本信息表
输入数据格式count
05
数据导入
构建DESeqDataSet对象
数据导入DESeqDataSet
06
数据预处理
过滤低表达基因
数据预处理过滤低表达基因
07
差异表达分析基本流程
差异表达分析基本流程 · 核心概念 · 实践要点
差异表达分析基本…重点
08
结果对象与提取
results()函数详解
结果对象提取
09
结果排序与筛选
p值 · log2FC阈值
结果排序筛选
10
多重假设检验校正
BH · BY方法
多重假设检验校正BH
11
可视化基础
MA图 · 火山图
可视化基础MA
12
热图与聚类
pheatmap与ComplexHe…
热图聚类
13
样本PCA与层次聚类
rlog与vst变换
PCA样本
14
参数调整
sizeFactors估计方法
参数调整sizeFactors
15
离散度估计与参数
fitType · minReplicates
离散度估计参数
16
差异检验方法
Wald检验 vs LRT
差异检验方法Wald
17
批处理效应校正
~batch vs ~batch+c…
批处理效应校正batch
18
自定义对比组
contrast参数与results…
自定义对比组contrast
19
非配对与配对设计
paired samples
非配对配对设计
20
多因素实验设计
因子交互项
多因素实验设计因子交互项
21
时间序列分析
LRT与分组
时间序列分析LRT
22
小样本与极限情况处理
minCount · cooksCutoff
小样本极限情况处理
23
参数优化
独立过滤阈值与alpha
参数优化alpha
24
使用apeglm、ashr等收缩方法
使用apeglm、ashr等收缩方法 · 核心概念 · 实践要点
apeglmashr
25
标准化与TPM、FPKM的差异
counts(dds · normalized=TRUE)
TPMFPKM
26
结果注释与生物学意义
biomaRt · ENSEMBL
结果注释生物学意义
27
交互式报告生成
ReportingTools · iSEE
交互式报告生成ReportingToo…
28
常见问题与调试
移除异常样本 · 重新估计
常见问题调试
29
性能优化
并行计算与BiocParallel
性能优化BiocParallel
30
实战案例
完整分析流程（从fastq到报告）
实战案例fastq