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Vina-GPU分子对接加速与性能调优

共计 30 章节
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01
Vina-GPU概述与发展历程
Vina-GPU概述与发展历程 · 核心概念 · 实践要点
Vina-GPU发展历程
02
GPU计算基础与CUDA编程简介
GPU计算基础与CUDA编程简介 · 核心概念 · 实践要点
GPUCUDA
03
分子对接基本原理与AutoDock Vina算法
分子对接基本原理与AutoDock Vi… · 核心概念 · 实践要点
AutoDockVina
04
Vina-GPU安装与环境配置（Ubuntu/CentOS）
Vina-GPU安装与环境配置（Ubun… · 核心概念 · 实践要点
Vina-GPUUbuntu/CentO…
05
编译Vina-GPU源码
CMake与CUDA工具链
Vina-GPU编译
06
运行第一个对接任务
验证安装成功
运行第一个对接任…验证安装成功
07
输入文件格式详解
受体PDBQT与配体PDBQT
输入文件格式详解PDBQT
08
输出文件解析
对接构象与打分函数
输出文件解析对接构象
09
GPU性能监控工具
nvidia-smi与nvtop实战
GPU性能监控工具
10
性能基准测试
设计标准测试集
性能基准测试设计标准测试集
11
影响性能的关键参数
exhaustiveness与num…
影响性能的关键参…exhaustivene…
12
网格大小与精度权衡
搜索空间优化
网格大小精度权衡
13
搜索策略与算法调优
遗传算法参数
搜索策略算法调优
14
批处理模式启动
一次运行多个配体
批处理模式启动一次运行多个配体
15
多GPU并行计算
MPI与多进程方案
GPU并行计算
16
混合精度计算
FP16与FP32选择
混合精度计算FP16
17
显存管理技巧
避免OOM与内存碎片
显存管理技巧OOM
18
CPU-GPU协同工作
数据预处理与后处理
CPU-GPU协同工作
19
常见性能瓶颈分析
I/O · 传输 · 计算
常见性能瓶颈分析I/O
20
使用NVIDIA Nsight Systems进行性能分析
使用NVIDIA Nsight Syst… · 核心概念 · 实践要点
NVIDIANsight
21
代码级优化
内核函数调优（CUDA）
代码级优化CUDA
22
利用cuFFT加速自由能计算（可选）
利用cuFFT加速自由能计算（可选） · 核心概念 · 实践要点
cuFFT利用
23
多配体批量对接策略
队列与动态调度
多配体批量对接策…队列
24
自动化脚本编写
将Vina-GPU集成到管线
自动化脚本编写Vina-GPU
25
实战案例一
大规模虚拟筛选（10000+配体）
实战案例一大规模虚拟筛选
26
实战案例二
构象搜索与柔性对接优化
实战案例二构象搜索
27
错误处理与调试
常见Runtime Error解决
错误处理调试
28
与其他对接软件对比
AutoDock Vina · QuickVina 2
其他对接软件对比AutoDock
29
性能调优总结
Checklist与最佳实践
性能调优总结Checklist
30
未来展望
Vina-GPU新特性与分子对接趋势
未来展望Vina-GPU