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Snakemake批量分子对接流水线构建

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
发展历史 · 核心概念（规则 · 目标）
Snakemake简介
02
工作流基础
规则（rule）定义 · 输入输出声明 · 通配符（wildcards）
工作流基础rule
03
第一个Snakemake工作流
编写简单规则处理文件 · 运行与调试（snakemake -n…
Snakemake第一个
04
规则深入
局部变量（params · log · benchmark）
规则深入params
05
配置文件
YAML/JSON配置加载（conf… · 在规则中使用config字典 · 参数化工作流
配置文件YAML/JSON
06
运行模式
本地执行 · 集群调度（LSF/SLURM/PBS… · 云平台（AWS Batch）
运行模式本地执行
07
日志与调试
--dry-run · --reason · --visualize
日志调试
08
资源管理
线程（threads） · 内存（mem_mb） · 时间（runtime）
资源管理threads
09
规则排序与依赖
order · priority · onstart/onsuccess/…
规则排序依赖
10
检查点（checkpoint）
动态输入生成 · 不确定数量的文件处理 · 如批量对接后的筛选
checkpoint检查点
11
循环与参数化
expand函数构建输入列表 · 多级通配符 · 参数网格搜索
循环参数化
12
脚本集成
脚本文件（script.py · script.R · shell.sh）
脚本集成script.py
13
环境管理
Conda环境隔离（conda · 容器执行（singularity/d…
环境管理Conda
14
报告生成
Snakemake自动报告（repo… · 嵌入表格 · 图表与日志
报告生成Snakemake
15
基准测试与优化
规则基准（benchmark） · 缓存（cache） · 多线程/并行策略
基准测试优化
16
分子对接背景
AutoDock Vina · AutoDock4等工具简介 · 受体-配体准备基础知识
分子对接背景AutoDock
17
准备输入文件
PDBQT格式转换（prepare_… · prepare_ligand） · 网格中心与尺寸定义
准备输入文件PDBQT
18
Snakemake对接工作流设计
整体流程划分（准备→对接→结果提取） · 规则依赖图
Snakemake对接工作流设计
19
批量对接
通配符实现多配体遍历 · 多受体或组合通配符 · 并行处理
批量对接通配符实现多配体…
20
对接参数配置
通过config文件管理Vina参数… · num_modes等） · 多组别实验
对接参数配置config
21
结果解析
提取结合能（affinity） · 排序 · 输出CSV/Excel
结果解析affinity
22
多工具支持
同时支持AutoDock Vina · rDock · LeDock
多工具支持AutoDock
23
并行与分布式
SLURM集群提交脚本 · 作业数组 · 合并小规则减少开销
并行分布式
24
故障重试
--retries · --restart-times · 日志分析
故障重试retries
25
可复现性
固定软件版本（conda lock） · 哈希摘要 · 运行记录（--summary）
可复现性conda
26
模块化工作流
使用include和module复用… · 编写子工作流
模块化工作流include
27
可视化与进度
dag图保存 · --gui（web界面） · 进度条（--progress）
可视化进度
28
集成工具
OpenBabel文件格式转换 · PyMol脚本自动生成图片 · OCR分析
集成工具OpenBabel
29
真实案例
一个完整的虚拟筛选流程 · 从受体准备到候选化合物列表 · 涵盖数据组织与备份
真实案例一个完整的虚拟筛…
30
常见问题与最佳实践
文件组织策略 · 避免路径硬编码 · 测试与版本控制
常见问题最佳实践