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Nextflow分子对接工作流编排与自动化

共计 30 章节
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01
Nextflow简介
Nextflow起源 · 核心特性 · 应用场景
Nextflow简介
02
安装与配置
Nextflow安装（conda · docker · singularity）
安装配置
03
第一个Pipeline
Hello World示例 · process定义 · workflow块
Pipeline第一个
04
Nextflow核心概念
channels · processes · operators
Nextflow核心概念
05
通道(Channel)详解
创建通道 · 值通道 · 队列通道
Channel通道
06
Process基础
input/output声明 · 脚本块 · DSL2语法
Processinput/output
07
分子对接概述
分子对接原理 · 常用工具（AutoDock Vina · Glide等）
分子对接概述分子对接原理
08
准备受体与配体
PDB文件处理 · 加氢 · 电荷
准备受体配体
09
AutoDock Vina安装与配置
Vina二进制 · Python绑定 · 参数文件config
AutoDockVina
10
编写第一个对接Process
输入PDBQT · 运行Vina · 输出结合模式
Process编写第一个对接
11
批量对接
多个配体对单个受体 · 使用channel并行处理
批量对接多个配体对单个受…
12
多受体多配体对接
交叉组合 · cartesian product…
多受体多配体对接交叉组合
13
结果收集与解析
解析Vina输出pdbqt · log文件 · 提取对接分数
结果收集Vina
14
使用Singularity/Docker容器化
创建Vina容器 · Nextflow集成容器
Singularity/…使用
15
资源管理
executor配置（local · slurm · aws batch）
资源管理executor
16
错误处理与重试
errorStrategy · retry · maxRetries
错误处理重试
17
条件分支
if/switch in workf… · 基于对接分数筛选
条件分支if/switch
18
数据组织
使用nextflow的元组(tupl…
数据组织nextflow
19
输出结果汇总
合并所有对接结果到CSV/JSON · 表格化
输出结果汇总CSV/JSON
20
可视化绘图
嵌入R/Python script…
可视化绘图R/Python
21
使用参数文件(Params)
JSON/YAML配置文件管理参数
Params使用参数文件
22
模块化与复用
使用include模块 · 定义sub-workflows
模块化复用
23
发布策略
publishDir · mode · pattern
发布策略publishDir
24
追踪与报告
nextflow trace · report · dag图
追踪报告
25
集成其他对接软件
SMINA · GOLD · LeDock等
集成其他对接软件SMINA
26
预处理流程
使用OpenBabel/obabel… · 生成正确配体
预处理流程OpenBabel/ob…
27
后处理分析
聚类 · 能量排序 · 结合模式可视化（PyMOL脚本）
后处理分析聚类
28
大规模并行执行
集群提交（SLURM · PBS） · 广播channel
大规模并行执行SLURM
29
最佳实践
代码组织 · 命名规范 · 文档
最佳实践代码组织
30
综合案例
从PDB下载到对接结果分析完整Pip…
综合案例PDB