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AutoDock分子对接建模与批量筛选

共计 30 章节
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01
分子对接导论
药物发现中的对接角色与重要意义
分子对接导论药物发现
02
AutoDock软件家族
AutoDock4与AutoDock…
AutoDock软件家族
03
对接原理
锁钥模型 · 诱导契合与构象搜索策略
对接原理锁钥模型
04
打分函数
半经验力场 · 基于知识的打分与一致性评分
打分函数半经验力场
05
受体准备
从PDB晶体结构去除溶剂 · 加氢 · 分配电荷导出pdbqt
受体准备PDB
06
配体准备
绘制/下载小分子 · 优化三维结构 · 转换为pdbqt格式
配体准备绘制
07
格点设置
盒子中心坐标 · 尺寸 · 间距对对接精度的影响
格点设置盒子
08
对接参数文件(DPF/conf)
灵活残基 · 网格地图 · 对接次数等配置
DPF/conf对接参数文件
09
运行AutoDock Vina
命令行参数 · 输入输出与并行支持
AutoDockVina
10
运行AutoDock4
autogrid生成格点映射 · autodock执行对接
AutoDock4运行
11
结果解析
结合能(ΔG) · 聚类分析 · RMSD值及排序
结果解析结合能
12
结合模式可视化
使用PyMOL/AutoDockTo…
结合模式可视化PyMOL/AutoDo…
13
柔性残基对接
侧链可旋转残基的定义与设置
柔性残基对接侧链可旋转残基的…
14
金属蛋白对接
金属配位键的参数化与特殊处理
金属蛋白对接金属配位键的参数…
15
共价对接
AutoDock4中的共价抑制剂对接…
共价对接AutoDock4
16
水分子处理
保留关键水分子的策略与影响
水分子处理保留关键水分子的…
17
批量对接
shell脚本/Python循环处理…
批量对接shell
18
虚拟筛选工作流
从数据库准备到候选化合物输出
虚拟筛选工作流从数据库准备到候…
19
对接性能优化
多核并行 · 集群提交与GPU加速
对接性能优化多核并行
20
打分函数评估
对接结果与实验结合能的相关性检验
打分函数评估对接结果
21
常见错误排查
文件格式报错 · 原子类型缺失 · 服务器超时
常见错误排查文件格式报错
22
参数调优
增加对接次数 · 扩大搜索空间改善重现性
参数调优增加对接次数
23
结合位点预测
FTMap · Fpocket等工具与AutoDoc…
结合位点预测FTMap
24
配体柔性与构象搜索
遗传算法(GA)与拉马克遗传算法
配体柔性构象搜索
25
机器学习增强对接
深度评分重排与结合姿态筛选
机器学习增强对接深度评分重排
26
分子动力学后处理
MM-PBSA/GBSA对对接结果再…
分子动力学后处理MM-PBSA/GBSA
27
多靶点对接
同一配体对多个靶标的选择性分析
多靶点对接同一配体对多个靶…
28
实际案例
某靶点抑制剂从头设计到先导化合物优化
实际案例某靶点抑制剂从头…
29
其他对接工具对比
Glide · GOLD · DOCK与AutoDock异同
其他对接工具对比Glide
30
总结展望
自由能微扰 · AI辅助对接与自动化工作流
总结展望自由能微扰