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本课程属于：004-AutoDock分子对接筛选 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
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大规模虚拟筛选Pipeline设计指南

共计 30 章节
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01
虚拟筛选概述
定义 · 应用领域 · 与传统实验方法的对比
虚拟筛选概述定义
02
分子基础
化学结构表示 · SMILES · InChI
分子基础化学结构表示
03
分子数据库构建
ChEMBL · PubChem · ZINC
分子数据库构建ChEMBL
04
分子预处理
标准化 · 去重 · 去除盐离子
分子预处理标准化
05
描述符计算
2D描述符 · 3D描述符 · 指纹（ECFP
描述符计算2D描述符
06
分子相似性搜索
Tanimoto系数 · 欧氏距离 · 相似性矩阵
分子相似性搜索Tanimoto
07
药效团模型构建
基于配体的药效团 · 基于受体的药效团
药效团模型构建基于配体的药效团
08
分子对接基础
对接原理 · 刚性对接与柔性对接
分子对接基础对接原理
09
对接工具介绍
AutoDock Vina · Glide · Schrödinger等
对接工具介绍AutoDock
10
对接参数设置
盒子大小 · 搜索算法 · 打分函数选择
对接参数设置盒子大小
11
对接结果分析
结合模式可视化 · 得分排序 · 聚类
对接结果分析结合模式可视化
12
基于配体的虚拟筛选
QSAR模型构建与验证
基于配体的虚拟筛…QSAR
13
机器学习在筛选中的应用
随机森林 · SVM · 神经网络
机器学习筛选
14
深度学习模型
图神经网络 · Transformer在分子性质预测
深度学习模型图神经网络
15
特征工程
特征选择 · 标准化 · PCA降维
特征工程特征选择
16
模型评估指标
AUC · ROC · F1
模型评估指标AUC
17
数据不平衡处理
过采样 · 欠采样 · SMOTE
数据不平衡处理过采样
18
虚拟筛选工作流设计
分步策略 · 级联筛选
虚拟筛选工作流设…分步策略
19
Pipeline框架
Snakemake · Nextflow · CWL的搭建
Pipeline框架
20
并行计算与高性能计算
任务拆分 · GPU加速
并行计算高性能计算
21
化合物库管理
数据库设计 · 索引 · 高速检索
化合物库管理数据库设计
22
筛选后处理
ADMET预测 · PAINS过滤 · lead-like规则
筛选后处理ADMET
23
聚类分析
Butina聚类 · 层次聚类 · 基于骨架的聚类
聚类分析Butina
24
多样性分析
MaxMin · Sphere Exclusion等选…
多样性分析MaxMin
25
结果可视化
散点图 · 热力图 · 网络图
结果可视化散点图
26
案例研究1
基于对接的激酶抑制剂筛选
案例研究1基于对接的激酶抑…
27
案例研究2
基于机器学习的抗菌肽设计
案例研究2基于机器学习的抗…
28
案例研究3
多靶点虚拟筛选实战
案例研究3多靶点虚拟筛选实…
29
常见错误与调试
分子处理错误 · 对接失败 · 过拟合
常见错误调试
30
未来趋势
AI驱动 · 生成式模型 · 云端筛选平台
未来趋势AI