VIP20

本课程属于：002-Seurat单细胞聚类分析 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。

查看所属VIP全部课程 →

← 返回所属目录咨询 / 购买

Snakemake集成Seurat管道构建实践

共计 30 章节

点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域

Snakemake简介与安装

Snakemake背景 · 应用场景 · 安装与验证

Snakemake简介

Snakemake基本语法与规则

规则结构 · 输入输出 · 通配符

Snakemake基本语法

Snakemake配置与变量

配置文件 · 全局变量 · params

Snakemake配置

Snakemake通配符与输入输出模式

通配符匹配 · 多输入输出 · 模式扩展

Snakemake通配符

Snakemake管道运行与日志管理

dry-run · 运行模式 · 日志输出与查看

Snakemake管道运行

Snakemake模块化与包含

rule all · include · module语法

Snakemake模块化

Snakemake与conda环境集成

environment.yaml · conda指令 · 依赖管理

Seurat简介与安装

Seurat v5新特性 · 安装与加载 · 单细胞分析流程概览

Seurat对象与数据结构

CreateSeuratObject · meta.data · Assay

单细胞RNA-seq数据读取与质量控制

10X格式读取 · QC指标（nFeature · percent.mt）

RNA-seq单细胞

Seurat标准化与降维（PCA）

NormalizeData · FindVariableFeatur… · ScaleData

Seurat细胞聚类分析

FindNeighbors · FindClusters · 分辨率选择

Seurat细胞聚类分析

Seurat标记基因鉴定

FindAllMarkers · 对比分析 · 标记基因筛选

Seurat标记基因鉴定

Seurat可视化工具（t-SNE/UMAP）

RunTSNE · RunUMAP · DimPlot

Seuratt-SNE/UMAP

Seurat细胞注释

手动注释 · SingleR自动注释 · 已知标记基因匹配

Seurat细胞注释

多样本整合分析

CCA整合 · Harmony集成 · FindIntegrationAnc…

多样本整合分析CCA

Snakemake与Seurat集成思路

管道设计原则 · 数据流程 · 文件依赖关系

SnakemakeSeurat

编写Snakemake规则

读取数据与创建Seurat对象

Snakemake编写

质量控制与过滤：生成QC指标图 · 过滤细胞

标准化与高变基因

编写规则标准化

PCA降维与聚类：Elbow图 · 聚类参数传递

编写规则PCA

标记基因与细胞类型注释 · 自动注释脚本

编写规则标记基因

可视化输出：绘制UMAP · FeaturePlot · VlnPlot输出图片

编写规则UMAP

整合多个样本：读取多个RDS · 整合流程 · 合并数据

编写规则RDS

使用Snakemake配置文件管理样本元数据

YAML/JSON配置 · 样本分组 · 条件变量

Snakemake使用

管道参数化与多条件运行

configfile · wildcard constrain… · 自定义资源

管道参数化多条件运行

错误处理与重运行机制

--rerun-incomplete · --restart-times · 错误日志分析

错误处理重运行机制

管道性能优化与并行计算

线程与内存设置 · 集群提交（SLURM/SGE） · 缓存机制

管道性能优化并行计算

完整单细胞分析管道 · 分步运行与结果检查

实战案例完整单细胞分析管…

管道打包与分享、最佳实践

Snakemake workflow… · Git版本控制 · 文档与注释

管道打包分享