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生物信息学与 AI 制药工程
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002-Seurat单细胞聚类分析
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《Leiden聚类参数搜索与稳定性评估》
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Leiden聚类参数搜索与稳定性评估
共计 30 章节
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01
Leiden算法概述
社区发现背景 · Louvain vs Leiden · 为什么需要调参
Leiden
算法概述
02
环境搭建
安装leidenalg和igraph · 验证安装
环境搭建
leidenalg
03
快速上手
加载图数据(Karate Club示… · 运行默认参数聚类
快速上手
Karate
04
参数总览
seed · resolution · weights
参数总览
seed
05
seed参数(一)
随机种子对结果稳定性的影响 · 如何固定复现
seed
参数
06
seed参数(二)
多seed实验设计 · 聚合结果的方法
seed
参数
07
resolution参数(一)
分辨率缩放因子的数学含义与社区粒度
resolution
参数
08
resolution参数(二)
如何通过二分搜索找到最佳分辨率
resolution
参数
09
resolution参数(三)
多分辨率分析 · 层次社区结构的揭示
resolution
参数
10
weights参数
边权重对模块度计算的影响 · 权重归一化技巧
weights
参数
11
node_weights参数
节点权重(度 · 中心性)嵌入聚类的实践
node
weights
12
initial_membership参数
如何使用预聚类结果作为初始社区
initial
membership
13
n_iterations参数
迭代次数与收敛平衡 · 防止计算浪费
iterations
n
14
merge_parts参数
是否合并孤立节点到最近社区
merge
parts
15
min_cluster_size参数
过滤微小社区 · 避免碎片化
min
cluster
16
连接性约束
非连通图的处理 · 强制社区连通
连接性约束
非连通图的处理
17
模块度函数选择
CPM · Modularity · RBConfiguration等对比
模块度函数选择
CPM
18
自定义目标函数
如何通过callback实现定制优化
自定义目标函数
callback
19
大规模图调参策略
采样 · 并行与近似加速
大规模图调参策略
采样
20
可视化调参辅助
社区着色 · 模块度曲线 · 参数扫描图
可视化调参辅助
社区着色
21
案例一
社交网络虚假社区检测 · 调整分辨率识别小簇
案例一
社交网络虚假社区…
22
案例二
基因表达数据共表达模块 · 优化weights参数
案例二
基因表达数据共表…
23
案例三
文本主题聚类 · 结合节点权重聚焦关键词
案例三
文本主题聚类
24
交叉验证评估
内部指标(模块度 · NMI)与外部标签对比
交叉验证评估
内部指标
25
参数搜索网格
从手动试错到自动化网格搜索
参数搜索网格
从手动试错到自动…
26
随机重启策略
解决局部最优 · 多次运行取最佳模块度
随机重启策略
解决局部最优
27
社区重叠处理
Leiden与Overlap社区检测…
社区重叠处理
Leiden
28
敏感度分析
每个参数变动对结果的影响程度测试
敏感度分析
每个参数变动对结…
29
生产环境调参流水线
将调参流程封装为CI/CD步骤
生产环境调参流水…
CI/CD
30
总结与进阶
Leiden参数调参常见误区 · 未来方向(图神经网络辅助调参)
进阶
Leiden
所属VIP或分类
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