VIP20
本课程属于：002-Seurat单细胞聚类分析 生物信息学与 AI 制药工程 · 共 20 门相关课程，组合学习更完整。
查看所属VIP全部课程 →
← 返回所属目录 咨询 / 购买

Snakemake集成Seurat单细胞分析管线

共计 30 章节
点击此处阅读海量试读课程：100+行业、1000+细分领域
01
课程概述
Seurat与Snakemake简介 · 应用场景
课程概述Seurat
02
环境搭建
安装R · Seurat · Snakemake
环境搭建安装R
03
Seurat基础
创建Seurat对象 · 质量控制
Seurat创建
04
Seurat基础
标准化 · 降维 · 聚类
Seurat标准化
05
Seurat基础
差异表达分析 · 可视化
Seurat差异表达分析
06
Snakemake基础
Snakefile语法 · 规则 · 输入输出
SnakemakeSnakefile
07
Snakemake基础
通配符 · 参数 · 配置
Snakemake通配符
08
Snakemake基础
日志 · 错误处理 · 并行
Snakemake日志
09
第一个Snakemake管道
Seurat QC流程
Snakemake第一个
10
管道设计
模块化拆分规则（QC · 标准化 · 聚类等）
管道设计QC
11
配置文件
YAML/JSON配置样本信息 · 参数
配置文件YAML/JSON
12
数据组织
管理原始数据 · 中间结果 · 最终结果
数据组织管理原始数据
13
条件依赖
根据条件跳过或执行特定步骤
条件依赖根据条件跳过或执…
14
多样本处理
批量处理多个数据集
多样本处理批量处理多个数据…
15
集成整合
合并多个样本（如CCA整合）
集成整合CCA
16
集成整合
harmony或scVI集成方法
集成整合harmony
17
自动化报告
R Markdown集成生成报告
自动化报告Markdown
18
可视化规则
自动生成降维图 · 热图等
可视化规则自动生成降维图
19
参数调优
使用snakemake --conf…
参数调优snakemake
20
资源管理
内存 · CPU控制 · 使用集群提交
资源管理内存
21
集群部署
SLURM/LSF配置Snakema…
集群部署SLURM/LSF
22
单细胞参考映射
使用Seurat映射到参考
单细胞参考映射Seurat
23
细胞类型注释
自动注释规则
细胞类型注释自动注释规则
24
差异分析规则
分组的差异表达
差异分析规则分组的差异表达
25
通路富集分析规则
GSEA等
通路富集分析规则GSEA
26
管道测试
单元测试 · 小规模数据验证
管道测试单元测试
27
错误排查
常见错误及调试技巧
错误排查常见错误
28
性能优化
缓存 · 检查点 · 规则合并
性能优化缓存
29
管道文档化
编写README · 参数说明
管道文档化README
30
综合实战
构建一个完整的单细胞分析管道
综合实战构建一个完整的单…