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Snakemake与Seurat模块化R工作流开发

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
工作流管理系统概述 · Snakemake特点 · 适用场景
Snakemake简介
02
Snakemake安装
conda环境 · pip安装 · 源码安装
Snakemake安装
03
Snakemake基础概念
Snakefile · 规则(rule) · 输入输出(input/output)
Snakemake基础概念
04
第一个Snakemake工作流
编写简单规则 · 运行snakemake
Snakemake第一个
05
规则依赖与顺序
自动推断依赖 · 规则顺序控制
规则依赖顺序
06
通配符详解
通配符匹配规则 · 在输入输出中使用通配符
通配符详解通配符匹配规则
07
参数化规则
params · threads · resources设置
参数化规则params
08
规则中的shell命令与run块
shell指令 · python run块 · script脚本
shellrun
09
配置与配置文件
config文件 · configfile · --config参数
配置配置文件
10
规则中的日志与输出管理
log指令 · 输出目录组织 · 清理
规则日志
11
条件执行与规则选择
checkpoints · ruleorder · onstart/onerror等
条件执行规则选择
12
集群与并行执行
Snakemake的--cluste… · --jobs · 集群调度（SLURM
集群并行执行
13
使用conda环境
--conda-frontend · conda环境指定 · 打包
conda使用
14
容器化支持
Singularity/Docker… · --use-singularity
容器化支持Singularity/…
15
Snakemake报告
自动生成HTML报告 · 可视化工作流
Snakemake报告
16
调试与错误处理
--dry-run · --force · --touch
调试错误处理
17
Seurat简介
单细胞RNA-seq分析 · Seurat主要功能 · 数据格式
Seurat简介
18
Seurat安装与准备工作
R包安装 · 数据下载 · 环境配置
Seurat安装
19
Seurat基本流程
读取数据 · 创建Seurat对象 · 质量控制
Seurat基本流程
20
Seurat标准化与降维
NormalizeData · ScaleData · RunPCA
Seurat标准化
21
Seurat聚类与注释
FindNeighbors · FindClusters · 细胞类型注释
Seurat聚类
22
Seurat差异表达分析
FindMarkers · 可视化（FeaturePlot · DotPlot）
Seurat差异表达分析
23
Snakemake集成Seurat思路
为什么需要集成 · 常见难点（R语言调用）
SnakemakeSeurat
24
在Snakemake中调用R脚本
使用shell或script指令运行… · 传递参数
Snakemake调用R脚本
25
Snakemake集成Seurat实战1
构建完整单细胞分析工作流框架（从fa…
SnakemakeSeurat
26
Snakemake集成Seurat实战2
参数配置 · 多样本处理 · 整合分析（CCA）
SnakemakeSeurat
27
Snakemake集成Seurat实战3
输出管理 · 结果汇总 · 报告生成
SnakemakeSeurat
28
性能优化与最佳实践
并行化 · 内存管理 · 缓存策略
性能优化最佳实践
29
故障排除与常见错误
R包依赖 · 路径问题 · 资源不足等
故障排除常见错误
30
总结与扩展
Snakemake社区资源 · Seurat高级功能 · 下一步学习方向
扩展Snakemake