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Seurat v5迁移与单细胞数据分析流程

共计 30 章节
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01
Seurat V5简介与核心新特性概览
Seurat V5简介与核心新特性概览 · 核心概念 · 实践要点
SeuratV5
02
安装与依赖环境配置（R版本、BiocManager、GitHub安装）
安装与依赖环境配置（R版本 · 核心概念 · 实践要点
BiocManagerGitHub
03
Seurat V5数据结构变化
SeuratObject v5与La…
SeuratV5
04
数据读取与创建Seurat对象（Read10X、CreateSeuratObje
数据读取与创建Seurat对象（Read… · 核心概念 · 实践要点
SeuratRead10X
05
质量控制（QC）流程更新
新指标与过滤策略
QC质量控制
06
标准化方法
SCTransform vs Nor…
标准化方法SCTransform
07
高变基因选择与特征选择（FindVariableFeatures变化）
高变基因选择与特征选择（FindVari… · 核心概念 · 实践要点
FindVariable…高变基因选择
08
降维
PCA及相关参数（RunPCA新增选…
降维PCA
09
聚类算法更新
Louvain · Leiden与FindCluster…
聚类算法更新Louvain
10
UMAP/tSNE可视化调整（RunUMAP、RunTSNE参数变更）
UMAP/tSNE可视化调整（RunUM… · 核心概念 · 实践要点
UMAP/tSNERunUMAP
11
细胞注释
自动注释与参考映射（FindTran… · MapQuery）
细胞注释FindTran
12
差异表达分析
FindMarkers新特性（pre… · min.pct变化）
差异表达分析FindMarkers
13
整合分析
CCA · RPCA · Harmony的调用方式变化
整合分析CCA
14
多模态数据整合
CITE-seq · Cell Hashing的Assay…
多模态数据整合CITE-seq
15
空间转录组分析
Spatial对象与图层管理
空间转录组分析Spatial
16
与旧版本（V4、V3）的兼容性问题与升级注意事项
与旧版本（V4 · 核心概念 · 实践要点
V4V3
17
迁移指南
代码转换步骤（全局替换与函数映射表）
迁移指南代码转换步骤
18
新函数介绍
JoinLayers · SplitLayers · LayerData等
新函数介绍JoinLayers
19
旧函数弃用与替代方案
FindClusters旧参数 · DoHeatmap更新
旧函数弃用替代方案
20
性能优化
内存占用与计算速度改进（多线程 · 稀疏矩阵）
性能优化内存占用
21
数据分层管理（Layers）
RNA · SCT · integrated等多层操作
Layers数据分层管理
22
图谱分析（Graph-based）变化
FindNeighbors新参数与距…
Graph-based图谱分析
23
细胞周期评分与回归（CellCycleScoring、SCTransform回归
细胞周期评分与回归（CellCycleS… · 核心概念 · 实践要点
CellCycleSco…SCTransform
24
标记基因可视化
FeaturePlot · DotPlot · VlnPlot新特性
标记基因可视化FeaturePlot
25
交互式探索
SeuratWrappers · Shiny整合与RShiny示例
交互式探索SeuratWrappe…
26
与Python及Scanpy的互操作
SeuratDisk · h5Seurat格式读写
PythonScanpy
27
批量效应校正方法比较
Harmony · FastMNN · RPCA的选择
批量效应校正方法…Harmony
28
多重比较与统计方法更新
FindAllMarkers的p.a…
多重比较统计方法更新
29
案例分析
从V4迁移到V5的完整代码改造（含陷…
案例分析V4
30
常见错误与调试技巧
安装冲突 · 内存溢出 · 对象转换失败
常见错误调试技巧