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Seurat FindAllMarkers差异基因检测调参

共计 30 章节
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01
FindAllMarkers函数概述
函数作用 · 返回值类型 · 在Seurat单细胞分析流程中的定位
FindAllMarke…函数概述
02
参数only.pos
作用与默认值 · 只返回上调表达基因的场景 · 对结果数量的影响
only.pos参数
03
参数logfc.threshold
差异倍数（log2 fold cha… · 如何筛选显著差异基因 · 与avg_log2FC的关系
logfc.thresh…参数
04
参数min.pct
最小表达比例 · 在集群间过滤低表达基因 · 默认值0.1的调整建议
min.pct参数
05
参数test.use
可选统计检验方法（wilcox · bimod · roc
test.use参数
06
参数assay
指定分析所用的assay（RNA · SCT · integrated等）
assay参数
07
参数slot
数据槽位（data · scale.data · counts）
slot参数
08
参数features
限定分析的基因列表 · 用于自定义候选基因集 · 与默认全基因组的性能对比
features参数
09
参数group.by
按元数据列分组 · 跨集群比较时如何设置 · 与ident的配合
group.by参数
10
参数subset.ident
仅对特定ident子集进行分析 · 节约计算资源的方法
subset.ident参数
11
参数latent.vars
添加潜变量（如批次 · 细胞周期）用于回归校正 · 适用test.use为LR或MAST…
latent.vars参数
12
参数node
基于分层次聚类的节点进行差异表达 · 与FindAllMarkers默认集…
node参数
13
参数return.thresh
p值截断阈值 · 控制输出基因数量 · 默认为0.01
return.thres…参数
14
参数pseudocount.use
伪计数添加量 · 影响log fold change计… · 在低表达基因处理中的经验值
pseudocount.…参数
15
参数fc.slot
计算fold change时使用的s… · 默认data的原因
fc.slot参数
16
参数base
log转换底数（默认2） · 影响倍数解读 · 常见底数选择
base参数
17
参数min.cells.group
每个组最少细胞数 · 防止因细胞太少导致统计不稳定
min.cells.gr…参数
18
参数min.cells.feature
表达该特征的细胞最少数量 · 过滤稀有表达基因
min.cells.fe…参数
19
参数norm.method
标准化方法（LogNormalize · CLR · RC等）
norm.method参数
20
参数scale.by
是否按比例缩放 · 与slot的交互 · 何时需要设置
scale.by参数
21
参数block.size
数据分块处理的大小 · 用于内存管理 · 默认值阻塞的权衡
block.size参数
22
参数verbose
是否打印详细信息 · 调试与生产环境的建议
verbose参数
23
参数random.seed
随机种子设置 · 确保结果可重复 · 在bootstrap或置换检验中的作…
random.seed参数
24
参数densify
是否将稀疏矩阵转换为稠密矩阵 · 加速但增加内存 · 实际使用场景
densify参数
25
参数min.diff.pct
最小比例差阈值 · 筛选集群间表达比例差异明显的基因
min.diff.pct参数
26
参数max.cells.per.ident
每个ident最多细胞数 · 用于子采样加速 · 不影响显著性但降低灵敏度
max.cells.pe…参数
27
参数fc.name
输出结果中fold change列的… · 便于下游整合
fc.name参数
28
参数p.val.adj
多重假设检验校正方法（bonferr… · BH · holm等）
p.val.adj参数
29
FindAllMarkers与FindMarkers的对比
适用范围 · 参数差异 · 输出格式
FindAllMarke…FindMarkers
30
参数调优实战案例
不同参数组合对结果的影响 · 结合生物学背景选择最佳参数 · 常见错误与调试技巧
参数调优实战案例不同参数组合对结…