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Seurat差异表达热图构建与结果解读

共计 30 章节
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01
Seurat简介与安装
了解Seurat包的功能 · 安装方法及依赖包配置
Seurat简介
02
单细胞数据读取与质控
读取10X格式数据 · 创建Seurat对象 · 进行质控过滤
单细胞数据读取质控
03
标准化与降维聚类
NormalizeData · FindVariableFeatur… · ScaleData
标准化降维聚类
04
寻找标记基因（FindAllMarkers）
使用FindAllMarkers函数…
FindAllMarke…寻找标记基因
05
差异表达分析原理
理解fold change · p值 · 调整后的p值以及筛选标准
差异表达分析原理fold
06
提取差异表达基因列表
从Seurat对象中提取marker…
提取差异表达基因…Seurat
07
DoHeatmap基础热图绘制
使用DoHeatmap函数绘制默认热…
DoHeatmap基础热图绘制
08
热图参数调整
修改基因数量（features） · 细胞分组（group.by）等参数
热图参数调整features
09
热图颜色自定义
通过cols参数或scale_fil…
热图颜色自定义cols
10
热图拆分面板（split.by）
按分类变量拆分热图 · 对比不同子集
split.by热图拆分面板
11
热图分组标签与注释
添加细胞类型标签 · 自定义分组颜色条
热图分组标签注释
12
热图基因排序与聚类
控制基因聚类（slot · assay）及行排序逻辑
热图基因排序聚类
13
热图显示基因名与统计信息
在热图旁显示基因名称和显著性标记
热图显示基因名统计信息
14
热图结合小提琴图/点图
使用VlnPlot · DotPlot与热图配合展示表达分布
热图结合小提琴图点图
15
多组差异表达热图
处理不同条件（如疾病/对照）的比较热…
多组差异表达热图处理不同条件
16
绘制特定基因集热图
手动指定基因列表绘制热图
绘制特定基因集热…手动指定基因列表…
17
热图保存与格式优化
使用ggsave · pdf等输出高质量热图 · 调整分辨率
热图保存格式优化
18
热图解读
颜色深浅代表表达高低 · 识别细胞亚群特异性高表达基因
热图解读颜色深浅代表表达…
19
热图解读
通过行聚类树识别共表达模块 · 推断细胞功能
热图解读通过行聚类树识别…
20
热图解构
理解热图右侧的聚类树 · 颜色条与表达矩阵的对应关系
热图解构理解热图右侧的聚…
21
热图与富集分析联合解读
将热图中高亮的基因集进行GO/KEG…
热图富集分析联合解读
22
批量绘制多组热图
使用循环或lapply对不同比较组批…
批量绘制多组热图lapply
23
自定义热图主题与布局
修改字体大小 · 图例位置 · 边距等
自定义热图主题布局
24
热图添加外部注释信息
整合临床信息 · 细胞周期等作为热图侧边注释
热图添加外部注释…整合临床信息
25
热图显示基因表达统计量
在热图单元格中显示均值或百分比
热图显示基因表达…热图单元格
26
热图优化
过滤低表达或稀少表达的基因以提升可视…
热图优化过滤低表达或稀少…
27
热图与火山图联动分析
先通过火山图筛选显著基因 · 再绘制热图
热图火山图联动分析
28
热图结果导出与报告整合
将热图嵌入R Markdown或Ju…
热图结果导出报告整合
29
常见热图问题排查
内存不足 · 绘图速度慢 · 基因名重叠等解决方案
常见热图问题排查内存不足
30
综合实战
从原始数据到差异表达热图解读的完整流…
综合实战从原始数据到差异…