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Conda与Docker可复现生信环境锁定及部署

共计 30 章节
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01
认识 Conda
Conda 是什么 · 为什么用 Conda · Conda vs pip vs vi…
Conda认识
02
Conda 基础环境管理
环境创建 · 激活 · 删除
Conda基础环境管理
03
Conda 包管理
安装 · 更新 · 卸载包
Conda包管理
04
Conda channel 与配置
默认渠道 · 添加自定义渠道 · 镜像源配置
Condachannel
05
Conda 环境导出与导入
conda env export /…
Conda环境导出
06
环境锁定初探
为什么需要锁定环境 · 锁定的常见场景
环境锁定初探为什么需要锁定环…
07
conda env export 的局限
跨平台问题 · 版本号锁定不全 · pip 包的干扰
condaenv
08
使用 conda-lock 工具
安装 · 基本用法 · 生成 conda-lock.yml
conda-lock使用
09
conda-lock 进阶
多平台锁定（linux-64 · osx-64 · win-64）
conda-lock进阶
10
conda-lock 与 conda 版本兼容
如何指定 conda 版本 · 处理冲突
conda-lockconda
11
conda-pack 工具
将环境打包成可移植目录 · 无需 conda 也可运行
conda-pack工具
12
conda-pack 实战
打包 · 压缩 · 分发
conda-pack打包
13
pip freeze 与 requirements.txt
在 Conda 环境中混合使用 pi…
pipfreeze
14
Conda 环境中 pip 依赖的锁定方案
pipdeptree · pip-tools（pip-comp…
Condapip
15
多环境锁定策略
开发/测试/生产环境的锁定文件管理
多环境锁定策略开发
16
Docker 基础入门
镜像与容器 · Dockerfile 基本指令
Docker基础入门
17
在 Docker 中安装 Conda
使用 ContinuumIO/min…
DockerConda
18
编写 Conda Dockerfile
将 conda env create…
CondaDockerfile
19
Docker 多阶段构建（multi-stage）与环境锁定
减少镜像体积
Dockermulti-stage
20
Docker 中 conda-lock 的使用方法
锁定文件复制到镜像进行安装
Dockerconda-lock
21
Docker compose 中 Conda 环境的锁定与共享
Docker compose 中 Con… · 核心概念 · 实践要点
Dockercompose
22
Conda 与 Docker 结合的最佳实践
分离基础环境与项目依赖
CondaDocker
23
使用 conda env export --from-history 精简锁定文
使用 conda env export… · 核心概念 · 实践要点
condaenv
24
锁定文件版本控制
Git 中管理 .yml 和 .lo…
锁定文件版本控制Git
25
CI/CD 中的环境锁定
GitHub Actions/Git…
CI/CD环境锁定
26
自动化锁定更新
使用 Dependabot / Re…
自动化锁定更新Dependabot
27
离线环境下的 Conda 环境锁定
本地缓存 · 私有频道
Conda离线环境下的
28
常见问题与排查
锁定文件冲突 · 版本不满足 · 跨平台报错
常见问题排查
29
Conda Docker 环境锁定安全考虑
镜像签名 · 依赖审计
CondaDocker
30
项目实战
从零搭建一个可复现的 Conda +…
项目实战Conda