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模块化Snakemake流程设计

共计 30 章节
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01
Snakemake简介
工作流管理系统的概念与优势
Snakemake简介
02
Snakemake安装与运行环境配置
Snakemake安装与运行环境配置 · 核心概念 · 实践要点
Snakemake安装
03
Snakefile基础结构与规则定义
Snakefile基础结构与规则定义 · 核心概念 · 实践要点
Snakefile基础结构
04
输入文件与输出文件声明
输入文件与输出文件声明 · 核心概念 · 实践要点
输入文件输出文件声明
05
通配符与参数化规则
通配符与参数化规则 · 核心概念 · 实践要点
通配符参数化规则
06
规则依赖与DAG自动构建
规则依赖与DAG自动构建 · 核心概念 · 实践要点
DAG规则依赖
07
配置文件的使用（config）
配置文件的使用（config） · 核心概念 · 实践要点
config配置文件的使用
08
设置参数与默认值
设置参数与默认值 · 核心概念 · 实践要点
设置参数默认值
09
函数、脚本与辅助代码集成
函数、脚本与辅助代码集成 · 核心概念 · 实践要点
函数脚本
10
模块化设计
include语句
模块化设计include
11
模块化设计
subworkflows子工作流
模块化设计subworkflows
12
模块化设计
拆分规则到独立文件
模块化设计拆分规则到独立文…
13
规则复用与模板化技巧
规则复用与模板化技巧 · 核心概念 · 实践要点
规则复用模板化技巧
14
条件规则与分支逻辑
条件规则与分支逻辑 · 核心概念 · 实践要点
条件规则分支逻辑
15
日志记录与调试技巧
日志记录与调试技巧 · 核心概念 · 实践要点
日志记录调试技巧
16
作业资源管理（threads, mem_mb, disk_mb）
作业资源管理（threads · 核心概念 · 实践要点
threadsmem
17
集群与云执行环境配置（SLURM, SGE, AWS）
集群与云执行环境配置（SLURM · 核心概念 · 实践要点
SLURMSGE
18
容器化集成
Singularity/Docker
容器化集成Singularity/…
19
环境管理
Conda与虚拟环境
环境管理Conda
20
报告生成
自动生成HTML报告
报告生成HTML
21
结果汇总与可视化
结果汇总与可视化 · 核心概念 · 实践要点
结果汇总可视化
22
缓存与增量执行机制
缓存与增量执行机制 · 核心概念 · 实践要点
缓存增量执行机制
23
参数扫描与批量处理
参数扫描与批量处理 · 核心概念 · 实践要点
参数扫描批量处理
24
测试与验证策略
测试与验证策略 · 核心概念 · 实践要点
测试验证策略
25
最佳实践
推荐的项目目录结构
最佳实践推荐的项目目录结…
26
最佳实践
文件与规则命名规范
最佳实践文件
27
最佳实践
可追溯性与元数据记录
最佳实践可追溯性
28
集成Git版本控制
集成Git版本控制 · 核心概念 · 实践要点
Git集成
29
持续集成/持续部署（CI/CD）配置
持续集成/持续部署（CI/CD）配置 · 核心概念 · 实践要点
CI/CD持续集成
30
实战案例
构建一个完整的RNA-seq分析流程
实战案例RNA-seq