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生成式分子设计项目工程

共计 30 章节
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01
项目启动
目标=生成式分子设计的工程化目标 · 典型交付物与全流程概览
项目启动目标=生成式分子…
02
分子表示工程
目标=SMILES · SELFIES · 图结构与3D构象的选型
分子表示工程SMILES
03
数据工程基础
目标=分子数据来源 · 清洗 · 去重
数据工程基础目标=分子数据来…
04
目标定义与约束建模
目标=多目标优化 · 药代动力学 · 毒性与合成可及性约束的工程化表达
目标定义约束建模
05
生成模型选型
目标=VAE · GAN · Transformer
生成模型选型VAE
06
序列生成模型实战
目标=基于SMILES/SELFIE… · 采样与有效性修复
序列生成模型实战SMILES/SELFI…
07
图生成模型实战
目标=基于图神经网络的自回归与非自回…
图生成模型实战目标=基于图神经…
08
3D分子生成实战
目标=扩散模型与等变网络在构象生成与…
3D分子生成实战目标=扩散模型
09
条件生成与可控性
目标=属性条件 · 片段条件 · 口袋条件与多条件融合策略
条件生成可控性
10
强化学习与偏好优化
目标=策略梯度 · PPO · DPO在分子生成中的工程实现
强化学习偏好优化
11
分子性质预测器集成
目标=代理模型训练 · 不确定性量化与生成循环中的调用
分子性质预测器集…目标=代理模型训…
12
对接与打分函数集成
目标=分子对接 · MM/PBSA · 自由能微扰的工程化接入
对接打分函数集成
13
合成可及性与逆合成规划
目标=SAscore · 逆合成工具与生成分子的可合成性过滤
合成可逆合成规划
14
生成结果评估体系
目标=有效性 · 唯一性 · 新颖性
生成结果评估体系目标=有效性
15
基准测试与实验设计
目标=GuacaMol · MOSES · PMO等基准的工程化使用与消融实验
基准测试实验设计
16
主动学习与贝叶斯优化
目标=样本高效搜索 · 采集函数与生成模型的闭环迭代
主动学习贝叶斯优化
17
多目标优化与帕累托前沿
目标=加权和 · 切比雪夫 · 超体积指标与决策支持
多目标优化帕累托前沿
18
生成模型训练工程
目标=分布式训练 · 混合精度 · 梯度累积与检查点管理
生成模型训练工程目标=分布式训练
19
大规模采样与推理优化
目标=批处理 · 缓存 · 量化与GPU/CPU异构推理
大规模采样推理优化
20
分子生成流水线编排
目标=任务调度 · 工作流引擎 · 失败重试与数据版本控制
分子生成流水线编…目标=任务调度
21
实验数据管理与追踪
目标=MLflow · W&B · DVC与实验元数据标准化
实验数据管理追踪
22
模型部署与服务化
目标=REST/gRPC API · 容器化 · 自动扩缩容与延迟优化
模型部署服务化
23
生成分子的过滤与后处理
目标=结构警报 · PAINS · 毒性基团与药代性质过滤
生成分子的过滤后处理
24
案例实战一
目标=针对特定靶点的先导化合物生成与…
案例实战一目标=针对特定靶…
25
案例实战二
目标=多目标抗耐药分子生成与ADME…
案例实战二ADME
26
案例实战三
目标=片段生长与骨架跃迁的生成式设计…
案例实战三目标=片段生长
27
案例实战四
目标=共价抑制剂与PROTAC等复杂…
案例实战四PROTAC
28
安全、合规与伦理
目标=生物安全 · 知识产权 · 数据隐私与负责任生成
安全合规
29
项目复盘与迭代
目标=从生成结果到实验验证的反馈闭环…
项目复盘迭代
30
前沿与展望
目标=大语言模型 · 多模态生成 · 自动化实验室与自驱动分子发现
前沿目标=大语言模型