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多组学药物重定位分析工程

共计 30 章节
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01
药物重定位与多组学工程导论
目标=药物重定位的核心逻辑 · 多组学数据类型（基因组 · 转录组
药物重定位多组学工程导论
02
多组学数据获取与质量控制
目标=公共数据库（GEO · TCGA · ArrayExpress
多组学数据获取质量控制
03
组学数据预处理与标准化工程
目标=归一化方法（TPM · FPKM · LFQ
组学数据预处理标准化工程
04
差异分析与特征选择
目标=差异表达分析（limma · DESeq2） · 差异蛋白与代谢物筛选
差异分析特征选择
05
多组学数据整合策略
目标=早期 · 中期 · 晚期整合框架
多组学数据整合策…目标=早期
06
药物重定位数据库与知识图谱
目标=DrugBank · CTD · LINCS L1000
药物重定位数据库知识图谱
07
基于表达谱的药物重定位
目标=连接图谱（CMap）原理 · L1000特征提取 · 基因签名匹配算法（GSEA
基于表达谱的药物…CMap
08
基于网络推理的药物重定位
目标=疾病-基因-药物网络构建 · 随机游走 · 网络传播
基于网络推理的药…目标=疾病
09
基于机器学习的药物重定位
目标=特征工程（药物化学指纹 · 靶点谱 · 通路特征）
基于机器学习的药…目标=特征工程
10
基于深度学习的药物重定位
目标=图神经网络 · 变分自编码器 · 注意力机制在多组学融合与药物-疾病关…
基于深度学习的药…目标=图神经网络
11
药物重定位中的因果推断
目标=孟德尔随机化 · 工具变量 · 倾向性评分
药物重定位因果推断
12
多组学药物重定位的靶点与通路分析
目标=靶点富集 · 通路活性推断（GSEA · SPIA
多组学药物重定位…通路分析
13
药物重定位中的副作用与安全性评估
目标=副作用数据库（SIDER · FAERS） · 毒性预测模型
药物重定位副作用
14
药物重定位的临床与真实世界证据整合
目标=电子健康记录 · 真实世界数据 · 临床试验数据
药物重定位的临床真实世界证据整合
15
多组学药物重定位的工程化流水线设计
目标=工作流引擎（Nextflow · Snakemake） · 容器化（Docker
多组学药物重定位…Nextflow
16
药物重定位分析中的统计建模与假设检验
目标=贝叶斯方法 · 混合效应模型 · 生存分析
药物重定位分析统计建模
17
药物重定位中的特征选择与降维工程
目标=PCA · t-SNE · UMAP
药物重定位特征选择
18
多组学数据融合中的缺失数据与异质性处理
目标=缺失机制识别 · 多重插补 · 矩阵分解补全
多组学数据融合缺失数据
19
药物重定位的验证策略
目标=体外实验 · 模式生物 · 类器官
药物重定位的验证…目标=体外实验
20
药物重定位中的可解释性与可视化
目标=SHAP · LIME · 注意力可视化
药物重定位可解释性
21
面向复杂疾病的多组学重定位案例
目标=阿尔茨海默病 · 癌症 · 自身免疫病等案例的数据整合
面向复杂疾病的多…目标=阿尔茨海默…
22
罕见病与未满足医疗需求的多组学重定位
目标=罕见病数据资源 · 小样本策略 · 跨疾病迁移学习与药物重定位机会挖掘
罕见病未满足医疗需求的…
23
药物重定位中的多靶点与组合药物分析
目标=多靶点药理学 · 组合指数 · 协同评分
药物重定位多靶点
24
药物重定位项目的云计算与高性能计算
目标=云平台（AWS · GCP · 阿里云）
药物重定位项目的…高性能计算
25
药物重定位中的隐私保护与联邦学习
目标=数据隐私法规 · 联邦学习框架 · 差分隐私
药物重定位隐私保护
26
药物重定位分析的质量控制与基准测试
目标=基准数据集 · 评价指标（AUC · AUPR
药物重定位分析的…基准测试
27
药物重定位从计算到临床的转化路径
目标=候选药物优先级排序 · 专利与知识产权 · 监管科学
药物重定位从计算…目标=候选药物优…
28
药物重定位工程中的项目管理与协作
目标=敏捷开发 · Git协作 · 文档规范
药物重定位工程项目管理
29
多组学药物重定位的前沿方向
目标=单细胞多组学 · 空间组学 · 类器官组学
多组学药物重定位…目标=单细胞多组…
30
综合实战
目标=从多组学数据到重定位候选药物的… · 数据获取 · 整合分析
综合实战目标=从多组学数…